百年大计,教育为本,随着社会的逐步发展,改革逐步深化,国家越来越关注和支持高等教育。随着国家对高等教育的不断投入,高校获得的教育经费不断增长,其中高校专项资金增长迅速,如何对高校专项资金进行合理有效的绩效评价使高校专项资金运用的更有效率及效益成为当前值得探究的问题。因此,高等学校专项资金绩效评价问题已成为社会公众和教育界聚焦的热点,如何建立一套科学合理、可操作的高校专项资金绩效评价体系更是成为重中之重的难点问题。在此背景下,构建适合当前高校发展需要的专项资金绩效评价体系以改善高校专项资金绩效管理,优化教育资源配置是具有现实意义和实际应用价值的。本文通过对国内和国外绩效评价相关理论研究成果的借鉴和总结,对基于平衡计分卡构建高校专项资金绩效评价体系的科学性、可行性进行了剖析,运用平衡计分卡理论,以高校战略发展目标为基点,从财务、顾客、内部运营、学习与成长四个维度确定具体绩效指标,构建高校专项资金绩效评价体系。采用层次分析法确定各指标权重,最后结合高校决算分析报告从多角度对高校专项资金使用效益进行了绩效评价,并且对合理配置专项资金提高专项资金绩效提出了几点建议。本研究以HK高校专项资金绩效情况进行了具体实证分析,基于平衡计分卡建立高校专项资金绩效评价体系是科学的、可行的、可操作的,希望能够为我国高校建立可具操作性的高校专项资金绩效评价体系及专项资金绩效管理提供理论依据和参考。