NDV广西分离株分离鉴定、基因序列分析及qRT--PCR检测方法的建立

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新城疫(ND)是由新城疫病毒(NDV)引起的一种禽类急性、高度接触性的病毒性传染病。目前,该病是严重威胁我国养禽业健康发展的主要疫病之一。因此,开展NDV流行毒株的分离鉴定、遗传变异分析及新型快速诊断方法的建立将为今后该病流行病学研究、疾病诊断与防控提供材料和理论依据,对养禽业健康发展具有重要意义。  本研究通过对2011年~2013年从广西地区疑似发生ND的临床病例样品中分离到的三株病毒进行HA、HI和RT-PCR鉴定,结果证明分离到的三株病毒均为NDV,分别命名为GXC110083,GXGF12001和GXC201308。对三株分离毒株进行了毒力测定、动物回归试验及包含裂解位点的F基因部分片段序列的测定与遗传进化分析。结果表明,三株分离毒株的MDT分别为62.6h、67.6h和69.2h,ICPI分别为1.56、1.50和1.30;30日龄易感鸡攻毒后2天均开始出现明显的临床症状,攻毒后5天内全部死亡,表明三株分离株均属于新城疫强毒株;F基因裂解位点氨基酸基序分别为112R-R-R-K-R-F117、112R-R-Q-K-R-F117和112R-R-R-K-R-F117,符合强毒株的裂解位点特征;F基因部分片段遗传进化分析发现GXGF12001毒株属于基因Ⅷ型,GXC110083毒株和GXC201308毒株均属于基因Ⅶh型。  选取分离株GXC110083和GXGF12001在BHK-21细胞上进行蚀斑克隆纯化三次,获得了单一、纯净的两株NDV蚀斑纯化株。设计扩增NDV全基因组序列的引物对纯化株GXC110083和GXGF12001进行了全基因组序列测定。使用相关分子生物学软件进行基因组序列的核苷酸同源性比较和遗传进化分析。结果表明,两株纯化株基因组全长均为15192nt,符合“六碱基法则”。其中纯化株GXC110083与广西白鹭源分离株WBE-10的全基因组核苷酸同源性最高,遗传关系最近,共同组成一小分支,属于基因Ⅶ型;纯化株GXGF12001则与青海株QH1、QH4的全基因组核苷酸同源性相对较高,遗传关系较近,共同组成一小分支,属于基因Ⅷ型。  本研究还成功建立了一种快速检测NDV核酸载量的SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR方法。该方法具有良好的线性关系,标准曲线的相关系数达0.9948,可检测到初始模板中5.03copies/μL的病毒核酸,与常见禽源病毒AIV、IBV、IBDV均不发生交叉反应,重复性良好,重复性试验的变异系数小于5%。应用建立的方法对人工感染NDV的40日龄非免疫雏鸡的主要器官盲肠扁桃体、脾脏、肺脏、气管、脑进行了病毒RNA定量检测,结果表明,48小时后在盲肠扁桃体中最早检测到病毒,144小时后在六种器官中均能检测到病毒,且差异并不是太大,而从临床病理解剖上观察,除了脑肉眼病变不是太明显外,其他五种器官均有明显的病理变化。该试验揭示出了NDV在鸡体内复制的动态变化,证实了感染鸡的临床表现和解剖病变与病毒载量呈现一定的相关性。本方法的建立为NDV的早期诊断和病毒的持续性感染研究奠定了技术基础。
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