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哺乳动物的基因组信息不仅仅局限于核苷酸序列,基因组上的表观遗传修饰在细胞分化中起着重要的作用。其中,DNA甲基化是一种极其重要的表观遗传修饰手段,在哺乳动物早期胚胎发育和体细胞重编程过程中发挥调控功能。哺乳动物早期胚胎发育发生全基因组范围的去甲基化过程,而且DNA去甲基化可以通过被动或主动机制发生。小鼠上的研究表明,受精后在去甲基化酶的作用下,胞嘧啶（5mC）被氧化成形成5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）。5hmC不仅仅是一种主动去甲基化途径中的中间体,而且有自己独特的功能,直接影响基因表达。然而,不同物种间去甲基化模式差距很大,山羊早期胚胎DNA中5hmC的动态变化还不得而知。本研究利用免疫荧光染色和氧化亚硫酸盐测序（oxBS-Seq）等方法分析了山羊早期胚胎全基因组和特定位点上的5mC和5hmC水平。这将为建立山羊IVF和SCNT早期胚胎发育各个时期的甲基化模式、分析克隆胚胎中异常的甲基化重编、提高核移植效率奠定基础。本研究的主要内容和结果如下:1.利用oxBS-Seq分析胚胎特定位点5mC和5hmC方法的建立。鉴于还未开发出oxBS-Seq所用的KRuO4氧化商品化试剂盒,我们严格按照参考文献中的方法进行了配制,并在主体实验前进行了充分检验。结果证明所配制KRuO4按照文献中氧化方案可以特异性地在将DNA中各种序列背景下的5hmC转化为的尿嘧啶U,而使5mC保持不变,从而能够在现有的的平台上进行定量和单核苷酸分辨率水平测序;使用KRuO4氧化的oxBS-Seq方案具有较好的稳定性、可重复性和氧化准确性。2.利用免疫荧光染色方法分析了山羊早期胚胎全基因组5mC和5hmC水平。免疫染色结果表明:体外受精（IVF）胚胎各时期的总体5mC水平低于体细胞克隆（SCNT）胚胎:这种差异在2细胞阶段、8细胞阶段都是极显著的,在囊胚阶段是显著的。5hmC水平高于克隆胚:这种差异在2细胞阶段、8细胞阶段都是极显著的,在囊胚阶段是显著的。该结果暗示降低克隆胚胎的5mC水平、提高克隆胚胎的5hmC水平可能会提高克隆胚胎发育。3.对多个关键位点进行单碱基分辨率的oxBS-Seq,结果表明在大多数测定位点,IVF胚胎的5hmC水平高于SCNT胚胎:SCNT胚胎中,除Nanog的2细胞至8细胞阶段的其他测定位点和时期,我们都发现5hmC水平的下降趋势（在Oct4的2细胞时期发现了最高的5hmC水平,在H19的囊胚阶段发现了最低的5hmC水平）;IVF胚胎中,在Oct的2细胞至囊胚、Nanog的2细胞至8细胞、Igf2r的2细胞至8细胞和H19的2细胞至囊胚阶段发现了5hmC水平的下降趋势（在H19的2细胞阶段发现了最高的5hmC水平,在H19的囊胚阶段发现了最低的5hmC水平）。