翼手目(Chiroptera)是哺乳动物中分布最广,数量最多的主要类群之一,也是最为神秘的类群,它们是哺乳动物中唯一真正具有飞翔能力的动物。大蹄蝠(Hipposideros armiger)隶属于翼手目小蝙蝠亚目,广泛分布在东南亚地区。它们在生态系统中具有重要作用,与人类关系密切。近年来,由于人类活动的加剧,栖息地的破坏以及人为直接干扰对大蹄蝠种群构成严重的威胁。目前大蹄蝠相关研究主要集中在行为生态、捕食和回声定位以及核型分析方面,而运用分子手段的研究尚未见报道。微卫星DNA(microsatellite DNA)作为一种更理想的分子标记,已经广泛应用于种群遗传学研究领域中。为了进行大蹄蝠的种群遗传学研究,我们首先采用富集文库的方法,从大蹄蝠基因组中筛选出8个微卫星位点标记,从中选出5个多态性较高的位点。同时,根据引物通用性原则,我们选取了普氏蹄蝠物种中的4个多态性位点,共得到9个微卫星位点,对大蹄蝠13个种群250个个体进行微卫星位点的基因分型,遗传多样性分析表明:1)各种群的总等位基因数为163,平均等位基因数为(4.89—11.67),大陆地区的等位基因丰富度、观测杂合度均高于海南和台湾,等位基因丰富度数值显示贵州最高,达5.18,相对的台湾新竹数值最低,为3.55。总的观测杂合度最高值出现在贵州种群,达到了0.88,最低值则为海南种群(0.61)。在种群哈—温平衡检验中,有3%显示了杂合子缺乏(经Bonferroni校正),在所有种群两两位点连锁不平衡检测中,均未检测出连锁现象。2)各种群等位基因丰富度Rs值与经纬度关系,结果显示,Rs值与纬度呈正相关(b=2.40,a=-3.35,R~2=0.32,P=0.04),与经度呈明显的负相关(b=-5.38,a=29.80,R~2=0.42,P=0.02)。显示大蹄蝠种群的建群趋势为自西向东,由大陆向岛屿方向。3)种群遗传结构的分析表明,大部分种群存在显著的遗传分化(P<0.001),海南、台湾地区与大陆地区的种群遗传分化水平差异显著,存在有限的基因流。距离隔离模式分析表明,所有种群之间的遗传距离遵循距离隔离模式(b=0.041,a=-1.83,R~2=0.23,P<0.001),仅对大陆种群之间的遗传距离为非距离隔离模式,种群之间具有一定的遗传差异,遗传距离不随地理距离的增加而增大。结果表明地理自然屏障在大蹄蝠种群遗传分化中起重要作用。种群的建群趋势提示我们对低经度地区大蹄蝠栖息环境的保护更具有实际意义。