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本文测定了同池混养的1龄建鲤(Cyprinus carpio var.jian).荷包红鲤(Cyprinus carpio var.wuyuanensis)背部肌肉的脂肪含量(intramuscular fat,IMF)和脂肪酸组成,比较发现,两品种鲤鱼肌肉脂肪存在较大差异。建鲤肌肉IMF含量(2.28%)显著低于荷包红鲤(3.56%)(P<0.01)；建鲤肌肉除了单不饱和脂肪酸(MUFA)(19.97±3.10%)含量低于荷包红鲤(28.20土3.98%)(P<0.01)外,饱和脂肪酸(SFA)(26.99土1.40%)、多不饱和脂肪酸(PUFA)(48.94±1.88%)均高于荷包红鲤(P<0.01),特别是DHA+EPA.相关性分析显示,鲤鱼MUFA中的C18：1分别与IMF.DHA呈正相关(R2=0.61)和负相关(R2=0.73)关系,回归关系均显著(P<0.01)。载脂蛋白(apolipoprotein,Apo)是血浆脂蛋白的重要组成部分,在脂质的摄取、转运以及脂肪代谢调节过程中具有重要作用,本实验分离了鲤鱼的六条Apos基因序列,通过序列结构和同源性分析发现,所得的序列分别隶属于载脂蛋白家族中的Apo-A-Ib、 Apo-A-Ⅳ、Apo-C-I,记为CcApo-A-Ib1、CcApo-A-Ib2、CcApo-A-Ⅳ1、CcApo-A-Ⅳ2、 CcApo-C-Ia、CcApo-C-Ib。这些基因的共同结构特点是均由3个内含子和4个外显子组成,内含子序列差异明显,各基因编码的氨基酸序列与对应的斑马鱼的氨基酸序列相似度在80%左右(CcApo-A-Ⅳ2除外)。系统进化树显示,六条Apos序列分别属于Apo-C族和Apo-A族两大支,CcApo-C-Is聚集在Apo-C族,CcApo-A-Ibs.CcApo.A.Ⅳs与A族载脂蛋白聚集在一起,但Apo-A-I与Apo-A-Ⅳ两家族序列分支不明显,置信度不高。不同纲动物的Apos间的遗传距离与分类地位基本一致,进化树很好地显示了鱼纲、两栖纲、鸟纲和哺乳纲,但是不能反映科、目水平的系统进化。利用实时荧光定量PCR检测了CcApo-A-Ibs、CcApo-C-Is、CcApo-A-Ⅳ1和CcApo-A-Ⅳ2在建鲤和荷包红鲤不同组织、器官的表达情况。结果显示,各基因在两个品种鲤鱼的组织表达分布情况基本一致,肝脏的表达水平最高,是这三组基因的主要表达器官。此外,CcApo-C-Is在脑、精巢,CcApo-A-Ⅳ1、2在小肠,CcApo-A-Ibs在脑组织也有较高水平的表达。荷包红鲤肝脏CcApo-C-Is的表达水平显著高于建鲤(P<0.05),是建鲤的1.5倍,而CcApo-A-Ⅳ1和2均却显著低于建鲤(P<0.05),CcApo-A-Ibs的表达差异不显著(P>0.05)；肌肉组织中,荷包红鲤的三组Apos基因的表达水平均高于建鲤,但只有CcApo-A-Ⅳ2差异显著(P<0.01),其它差异均不显著(P>0.05)。通过对肝脏CcApo-C-Is、CcApo-A-Ⅳ1、2表达水平与肌肉中的C18：1进行相关性分析发现,回归关系均显著(P<0.01),但相关系数不高(R2：0.40～0.52),结合Apo-C-Ⅰ、Apo-A-Ⅳ的生物学功能,推测荷包红鲤肝脏CcApo-C-Ⅰs的高表达以及CcApo-A-Ⅳ1、2的低表达与其肌肉IMF、C18:1含量相对较高有关,可作为筛选相关分子标记的目标片段。