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东莞市作为经济发达和重金属污染的典型地区，重金属企业众多，由于重金属废水排入河流，部分河流水质无法达标，危及东莞市的饮水安全，对东莞市水源保护、原水质进行调查研究十分重要。本文以东莞市东江东莞段作为研究对象，设置13个监测断面，采取水体和底泥样品，对水中Cu、Zn、Cd、As、Cr、Hg、Pb重金属含量进行一年的监测。对水体和底泥中的重金属进行特征分析，且采用美国环保局推荐的健康风险评价模型和地累积指数法模型，对水体和底泥中种金属进行评价。本文研究的主要结论： 各监测断面COD、TN均无法达到地表水水质的Ⅲ类标准，监测断面E在2012年9月的CODCr浓度超过地表水Ⅲ类标准4.35％，TN超过地表水水质的Ⅴ类标准43.5％，COD、TN、TP月平均值的浓度与月降雨基本呈现正相关。水体中 Hg（24.02μg/L）>Zn（10.90μg/L）>Cu（7.01μg/L）>As（1.03μg/L）>Cr（0.58μg/L）>Cd（0.40μg/L），目标河段各断面Cu、Zn、Pb、As、Cd、Cr的浓度均能达到地表水水质Ⅰ～Ⅱ类标准，但在某些时段，部分断面的Hg浓度超过地表水水质Ⅴ类标准308％～1541％；水体Cu、Cr、Zn平均值在7、8月大于其它月份，As在10月大于其他月、Cd在3月大于其它月份；水体Cu、Hg、Cd、Zn在东莞城区段基本高于其他研究段的浓度，Cr、As在茶山镇段浓度高于其他研究段，监测断面A、B、C、G、J、M在垂直方向上As、Cd浓度表层>底层；相关性上，水体中 Hg和As、Cd具有同源性。As与TCr有很高的相关性，来源包括城市工业废水。 沉积物中重金属元素平均值从大到小的排序：Zn（114.56mg/kg）>Cr（111.22mg/kg）> Cu（90.18mg/kg）>Pb（81.89mg/kg）>As（14.43mg/kg）>Cd（1.36mg/kg）>Hg（0.20mg/kg），且9个监测区域中重金属平均含量As、Cd、Hg排在顺序链的后三位；监测区域C、I、J在Zn、Pb的浓度顺序链上排在前四位；在相关性上，Cu-Zn、TCr-Zn间具有很高的正相关性，Cd-Hg、Cd-Zn间呈现很高的负相关性。 水体中各种重金属的健康风险水平值排序为As>Cd>Hg>Cu>Zn，但低于ICRP推荐的最大可接受风险水平；表层沉积物重金属对东莞市东江河流污染程度顺序：Cd（重污染）>Cu（偏中污染）>Hg（轻度污染）>Pb（轻度污染）>Cr（轻度污染）>Zn（轻度污染）>As（轻度污染）。