马鹿(Cervus elaphus)属偶蹄目鹿科鹿亚科,又名红鹿、赤鹿、白臀鹿,马鹿由梅花鹿分化而来,与梅花鹿亲缘关系非常近,在自然条件下可与梅花鹿杂交延续后代。天山马鹿是天山山脉体型最大的哺乳动物,在生态中发挥着重要作用,是天山生态中的旗舰动物,被中国政府定为Ⅱ级保护动物,国际自然保护联盟((IUCN)将其定为LC级(无危级)。本研究为了获得天山马鹿喀拉乌成山种群数量,并评估不同种群数量统计方法之间的差异。2010-2011年利用样带法,粪堆计数法以及非损伤性标记重捕法对喀拉乌成山的天山马鹿种群数量进行研究,发现样线法估计的种群数量最低,仅为1.316-1.656头/km2;而非损伤性标记重捕法获得的种群数量最高,为2.075-3.11头/km2;粪堆计数法获得的数据居中,为1.422-2.844头/km2,说明不同的方法之间很难具有可比性。由于过去长期以来使用样线法统计种群数量,因此该方法适合做种群数量的动态分析;而粪堆计数法由于简便适合种群数量的快速统计;非损伤性标记重捕法由于人为误差小且无伦理问题,符合动物福利在一次调查中能够同时获得多组数据,因此成为未来种群数量研究的趋势。为探讨不同状态的公路对大型哺乳动物种内遗传分化的影响,本研究分别采集天山山脉省道110、203、303公路两侧的天山马鹿粪便样本,其中省道110没有完全将栖息地割裂,省道203和303则将栖息地割裂但是省道203属于废弃道路,而省道303则正在使用。使用5种微卫星进行个体识别后利用Arlequin3.11进行遗传距离、基因多样性、杂合度等情况。结果:研究发现5种微卫星均具有很好的多态性,五地区中松树塘与寒气沟、白石头的遗传距离最远,并且松树塘的杂合度、基因型数量均最低;小西沟和白杨沟之间遗传距离为负值,杂合度、基因型数量无差异。结果表明公路对栖息地的分割状态不同,会导致种群的遗传情况改变。当公路仅深入栖息地没有将栖息地割裂时,公路两旁种群无差异;当栖息地被公路完全隔绝则该栖息地内杂合度、基因型数量降低;公路的使用状态对临近种群的隔绝效果有影响,使用中的公路隔绝效果强而废弃旧公路隔绝效果依然存在,建议将废弃公路拆除方便动物迁徙交流防止种群退化。利用5对微卫星排除喀拉乌成山的小渠子、白杨沟地区,哈密东天山国家森林公园的白石头、松树塘、寒气沟地区的重复马鹿粪便,使用BMC1009作为内对照利用SRY基因进行性别分辨来源的鉴定,同时利用粪便形态的长宽比做粪便来源的形态学鉴定。结果表明基因扩增法获得的天山马鹿雌雄比结果是1.78:1-2.89:1,粪便形态鉴定的结果是1.62:1-2.40:1,两种方法获得的结果无统计学差异,说明通过粪便形态可以作为性别判断的方式可行。基因扩增以及形态学研究,都表明寒气沟的性别比最低,提示该地区的种群性别比不稳定。使用收集粪便时的GPS数据,利用Arcview GIS3.2软件的home range analysis模块计算雌雄马鹿冬季家域范围,分别是1.24-1.71和1.02-1.57 km2,雌雄性家域范围差异不大。这种家域范围是由于冬季马鹿食物减少,主要在林地边的人工林采食嫩枝造成的。为了掌握东、西天山马鹿的遗传结构差异和系统发生关系,本研究利用CTAB法提取6个不同采样点的471份新鲜天山马鹿粪便样本,并鉴定出其中273个个体,使用聚类分析,系统进化等方法分别对线粒体的细胞色素b、控制区和核基因的差异进行分析。结果表明东、西天山马鹿控制区的单倍型之间的系统发生有明显的区别,细胞色素b的系统发生也与控制区结果一致;东、西天山马鹿细胞色素b的差异百分比达到1.1%;而且通过细胞色素b和控制区与其他亚种数据对比分析,结果表明东西天山马鹿的遗传差异大于部分亚种之间的差异;细胞色素b的系统发生分析结果表明,东天山马鹿种群与克里米亚33000-42000年前的化石序列接近,处于同一个进化分支,而西天山种群数据与北美种群接近在一个进化分支上;Network分析也显示,东西天山马鹿的细胞色素b差异明显;微卫星的贝叶斯分析表明寒气沟、松树塘、白石头与伊犁、白杨沟、小渠子的天山马鹿具有明显差异,属于两个不同的聚类群;这些结果与天山的地理划分相吻合。结论:遗传分析表明东、西天山马鹿之间的遗传差异明显。