进化分歧一直是进化生态学研究的重点和难点。Darwin在《物种起源》中提出：物种的演化是由于长期受到自然选择作用而实现的。表型进化在物种形成中占有重要作用,并且受到多个因素共同影响。开展种内地理种群间表型变化及影响因素的研究对进一步揭示物种形成过程至关重要。本研究采集中国境内马铁菊头蝠（Rhinolophus ferrumequinum）7个地理种群、大耳菊头蝠（Rhinolophus macrotis）5个地理种群和菲菊头蝠（Rhinolophus pusillus）10个地理种群的头骨样本,使用几何形态测量法精确地将3种菊头蝠头骨形态定量化处理,使用典型变量分析（CVA）描述3种菊头蝠头骨形态种内地理差异和种群间变化规律,并结合各种群的地理、气候（温度、年均降水、气压和风速）和遗传数据（线粒体Cytb序列）,计算种群间地理距离、气候欧几里德距离和遗传距离,利用Arlequin3.1软件对头骨形态和各影响因素进行Mantel检验,并使用tpsPLS和Ⅰ’AST进行偏最小二乘分析确定影响头骨形态变化的关键因子。主要结论为：（1）马铁菊头蝠河南种群体现其独特的环境适应性,且在种群间其牙齿从西南种群到东北部种群呈现变长趋势,暗示了不同种群猎物组成存在明显差异。温度因子与其头骨形态差异显著相关,说明马铁菊头蝠头骨形态变化虽与整体气候因子不相关但依然受环境因素影响。（2）大耳菊头蝠吻部呈现逐渐变长的趋势,暗示了其咬合力变大的趋势,其枕骨大孔位置以及吻部与颅部结合角度存在明显地理差异,该差异仅与气候因素相关,其中年均降水量是影响该变化的主要因子。（3）菲菊头蝠海南种群头骨形态与大陆种群未出现显著差异。此外,其头骨的吻部从南方向北方逐渐变宽,咬合力逐渐变大,推测北方种群猎物中鞘翅目所占比例更高。气候因子是解释菲菊头蝠头骨变化的主要因素。（4）3种菊头蝠头骨尺寸和形状在种群间均呈现显著差异,其中头骨侧面较腹面的差异程度更高,在种群间区分明显优于腹面形态,其形态变化受到更多的环境作用。另外,3种菊头蝠在种群间均呈现了咬合力的变化,但三者呈现不同的适应方式,说明不同种类在同种生态功能上的不同适应。3种菊头蝠头骨形态均符合“地理距离隔离”进化模式,且自然选择作用是影响头骨形态变化的主要驱动力。