煤炭产业作为我国主要的一次性能源产业，一直为国民经济的快速发展提供稳定的能源保障。但煤炭资源开采带来了一系列的生态环境问题，使煤炭矿区复合生态系统健康受到了严重影响。本文基于经济发展与生态环境之间的矛盾，从煤炭矿区生态环境治理的视角，借鉴国内外最新研究成果，综合运用复合生态系统管理理论及能值理论对煤炭矿区复合生态系统管理问题进行了系统研究，进而提出相应的管理建议，具有重要的理论意义及现实意义。以复合生态系统理论为基础，系统研究了煤炭矿区复合生态系统的内涵、组成结构、功能、特征及生态管理目标，论述了煤炭矿区复合生态系统资源—经济—社会—环境各子系统的耦合机理，分析了煤炭矿区复合生态系统内物质流、能量流、货币流和信息流的交换机制。指出了煤炭矿区复合生态系统管理所面对的主要问题包括水资源污染和水系破坏、地面塌陷和土地压占、水土流失和植被破坏、废渣污染和大气污染。并提出了生态系统保护、维持、修复和重建等相关策略。系统论述能值分析理论与方法，比较研究了生态系统评估的各种方法，探讨了能值分析方法应用于煤炭矿区复合生态系统进行定量研究的可行性，构建煤炭矿区复合生态系统投入产出和能量流动模型，绘制典型煤炭矿区物能流简图。运用能值分析方法，建立了煤炭矿区复合生态系统及其子系统的能值评价指标体系，以龙口矿区北皂煤矿为案例开展实证研究，通过能值指标将矿区内的各物能流统一起来，对各个子系统进行了定量化研究，分析得出北皂煤矿存在资源利用不合理、土地资源相对匮乏等问题。因此，给出开发可再生资源、加强产业集群建设等建议。评估煤炭矿区污染物排放对生态环境的影响、植被破坏对生态服务功能损失的影响和大气污染物对人体健康的影响，结果表明，煤炭开采导致的矿井水排放对生态环境影响较大，粉尘污染对人体健康造成较大损害，地表塌陷降低了复合系统生态服务功能，进而，针对北皂煤矿提出了加强矿井水综合利用、降低采掘工作面粉尘浓度、防治采煤地表塌陷、恢复矿区地表植被等建议。