检测HBV基因组nt551位突变的特异性聚合酶链反应的建立和应用

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为了调查HBV基因组nt551位变异株在乙型肝炎患者中的分布,共收集HBV血清学诊断阳性且肝功能异常的乙型肝炎患者血清标本362份,用巢式PCR方法扩增到117例HBV S基因阳性的标本。根据已知的48个HBV的基因组序列和中国主要的流行亚型(adr和adw),设计合成了3’末端(上游引物)不同的四套引物P551A-PPS、P551G-PPS、P551C-PPS和P551T-PPS。在常规PCR的基础上,探索了扩增HBV基因组nt551位突变的特异性聚合酶链反应(msPCR)。在优化试验条件中以调整退火温度和引物浓度为主。根据引物的Tm值,将退火温度由65℃开始由低到高逐步调整,至70℃时,仍然存在不同程度地非特异性扩增。在退火温度为71℃、引物浓度为800nmol/L(25μl的反应体系)时,引物nt551A和nt551G分别可产生HBV DNA特异性扩增条带。在退火温度为72℃和引物浓度为200nmol/L(25μ1的反应体系)时,引物nt551C和nt551T分别可产生HBV DNA特异性扩增。首先,采用这种msPCR方法对16份HBV S基因阳性标本进行检测,结果14份为nt551A,另外2份分别为nt551G和nt551T。DNA序列分析肯定了这一结果。初步证明该法用于鉴定HBV基因组nt551位变异株的特异性和敏感性。进一步利用该msPCR方法对另外101份HBV S基因阳性标本进行检测,发现nt551位为A的标本98例,为G的3例。综合上述结果,在117例HBV S基因阳性的标本中,nt551位为G的变异株有4例,占3.42%;nt551位为C的变异株为0;nt551位为T的罕见adr亚型野生株有1例,占0.85%;nt551位为A的野生株有112例,占95.73%。
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