拥有公共物品属性的水资源是“流域”。流域的资源外部性及其系统整体性等特点要求流域的有关区域应当共同承担环境保护的维护和建设工作。如何正确的衡量水资源各个区域之间的开发、利用与环保投入的关系,建立合理的生态补偿标准问题是流域水资源管理领域的研究焦点。本文基于流域生态补偿的相关理论和水足迹分析方法,分析流域上中下游的生态投入和水资源的耗费情况。通过流域水足迹的计算,确定流域的水资源盈亏,说明流域水资源的生态环境问题,确定流域生态补偿的主、客体和标准,以现有理论知识和文献研究为基础,建立的流域生态补偿标准模型,对流域生态补偿额度进行量化研究,为管理者解决流域间各区域的利益矛盾提供科学的决策依据,实现流域生态和经济的可持续发展。本文主要的内容如下：(1)论文的研究背景、目的和意义以及国内外流域生态补偿的现状。(2)论文阐释流域的生态补偿内涵、理论基础和主、客体、补偿标准以及方式和途径,分析和研究水足迹的内涵及相关理论基础。(3)基于水足迹理论,确定流域水足迹的计算方法,建立基于水足迹的流域生态补偿标准模型,并结合水资源可持续利用的理论,判定流域水资源盈亏情况。(4)以赤水河为例,计算2009-2012年赤水河上中下游的水足迹和水资源利用量,明确各区域间的相互关系；根据环保投入情况,量化生态补偿,提出赤水河流域生态保护的相关对策与建议。(5))根据以上研究得出,流域生态补偿的指标体系的建立不仅可以有效的明确生态补偿的范围,辨识出各地区生态保护投入差异,还能为生态补偿标准的建立奠定基础。应用水足迹理论,将水资源利用和生态服务结合起来,揭示人类活动对水资源的消耗规律,分析人类活动对水资源生态压力的影响,确定流域生态补偿的标准,提高流域上下游之间的生态补偿的认可度和公平性。