本研究利用SSR标记构建基于组合5003×P-138的分子标记连锁图谱,并对该组合的450个RIL家系在对照与干旱两种环境下的株高、产量进行初级定位,分析控制玉米株高和产量的QTL位点与遗传效应,探索玉米耐旱性的分子遗传机制,考察株高、产量及抗旱性之间的关系,为玉米耐旱性的遗传改良提供理论依据和参考。主要结果如下:1)用116个多态性SSR位点对RIL群体作基因型分析,卡方检验表明,15个位点表现基因偏分离,占总位点的12.93%,101个位点符合1:1分离,占87.07%,构建了包含101个位点的遗传图谱,覆盖玉米基因组1395.2cM,标记间平均距离为13.81cM。2)在灌溉条件下,检测到3个控制株高的QTL,分别位于第4、9、10染色体上;3个控制产量的QTL,位于第1、2、7染色体上。在干旱条件下,检测到5个控制株高的QTL,其中1个位于第3染色体上,4个位于第9染色体上;同时检测到3个控制产量的QTL,位于第2、5、6染色体上。基因作用方式为加性,不同水分条件下检测出的QTL不同,但找到1个相对稳定的QTL(第2染色体上,临近bnlg1225的控制产量的位点)。3)在两种水分处理下,株高与区产的相关性均达到了极显著水平(r=0.13,0.16),但回归系数不高,这可以从QTL定位结果中找到微观的理论解释。从整体上看,干旱处理的相关系数比正常灌溉的大,这也进一步证明了在干旱胁迫下,对抗旱性的筛选要比正常灌溉下更有意义。另外发现,两种水系下株高与抗旱系数的相关性均不显著,也说明了仅凭株高这一项对抗旱性的选择是不够的。4)经回归分析得出区产与株高和百粒重的线性回归方程: Y(正常)=33.41+2.18X1+23.26X2;Y(干旱)=-51.65+2.31X1+27.04X2模拟株高、百粒重和区产之间的关系。