以土壤有效磷含量0.02 mg/kg和80 mg/kg条件下对来自云南5个稻作区和16个地州的548份地方稻核心种质和60份改良品种盆栽,考察18个形态性状2种条件下的相对表型性状为基础,进行土壤无效磷活化特性鉴定及其生态差异研究。结果表明:(1)548份云南地方稻核心种质18个相对表型性状中共有14个性状与相对总干重达极显著相关,提出了相对总干重是云南稻种对土壤无效磷活化特性鉴定可靠的指标,相对地上干重、相对有效穗和相对茎蘖数则作为云南稻种对土壤无效磷活化特性鉴定的辅助指标。(2)云南稻对土壤无效磷的活化能力呈现地带性分布,即由多样性中心向北渐强扩散的规律;无效磷活化能力极强品种以多样性中心居多。滇西北高寒粳稻区和滇东北高原粳稻区稻种无效磷活化能力较强,南部边缘水陆稻区和滇南单双季籼稻区稻种无效磷活化能力强且多样性大,滇中一季籼粳稻区则相对较弱;文山、德宏、临沧、丽江和昭通稻种无效磷活化能力较强,西双版纳、怒江、楚雄、玉溪和曲靖次之,而昆明、保山、红河、迪庆和大理最弱。(3)云南地方稻的无效磷活化能力明显高于改良种,云南稻对土壤无效磷活化特性是水稻基因型与无效磷或低速磷胁迫的酸性红壤长期协同进化的结果。(4) SSR标记RM190等位基因条带数与云南稻核心种质无效磷活化能力密切相关。RM190等位基因条带数越多的稻种,其无效磷活化能力也越强。