宫腔粘连中长链非编码RNA相关的ceRNA网络构建和分析

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背景:宫腔粘连(intrauterine adhesion,IUA)是指由于宫腔操作等因素导致宫腔内膜基底层损伤后,内膜的胶原纤维过度沉积、宫腔肌壁相互粘连,导致宫颈管、宫腔部分或全部闭塞。主要临床症状为月经量减少、闭经及不孕。宫腔镜下宫腔粘连分离术(transcervical resection of adhesion,TCRA)是目前治疗中重度IUA的主要方法,但术后复发率高达60%以上,因此深入了解宫腔粘连发病机制并寻求其预防措施至关重要,近年来转录组测序技术用于筛查组织及细胞中差异RNA并进一步研究其生物学功能的实验方法得到广泛应用。已有学者使用此方法分析宫腔粘连进展过程中的差异表达基因和通路。长链非编码RNA(long non-cooding RNA,lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸的RNA,在多层面调控机体各项活动过程,与疾病的发生发展密切相关。研究表明lncRNA在疾病发展过程中可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调节微小RNA(micro RNA,miRNA)的表达模式和生物学特征,从而参与免疫反应、炎症反应、细胞代谢等生物学过程。大量研究显示多种miRNA参与宫腔粘连的发生发展,但lncRNA及其相关的ceRNA在宫腔粘连中的作用还未被广泛研究,其机制尚不清楚。方法:(1)获取重度宫腔粘连(AFS评分>8分)患者的子宫内膜3例和正常子宫内膜3例。(2)利用转录组测序技术对3例宫腔粘连患者子宫内膜和3例正常子宫内膜进行全转录组测序,获得实验组和对照组mRNA和lncRNA表达谱。(3)对mRNA和lncRNA表达数据进行差异分析,获得差异表达mRNA(differently expressed genes,DEGs)和差异表达lncRNA(differently expressed lncRNAs,DELs)。从GEO数据库中获得宫腔粘连和正常子宫内膜miRNAs表达数据集,通过差异分析获得差异表达的miRNA(differently expressed miRNAs,DEMs)。(4)通过Target Scan和miRanda数据库预测DELs-DEMs和DEGs-DEMs的靶向关系,根据ceRNA理论构建lncRNA-miRNA-mRNA网络。(5)通过蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析获得宫腔粘连关键基因。通过GO和KEGG数据库分析DEG和ceRNA富集的生物学功能和通路。(6)从GEO数据库中寻找多种纤维化疾病的基因表达文本,通过回归分析验证ceRNA网络中lncRNA-mRNA的表达水平。结果:(1)本研究共确定了353个上调和562个下调的DEGs,确定了249个上调和169个下调的DELs。(2)本研究构建了包括28个lncRNAs、28个miRNAs和299个mRNAs的ceRNAs网络,其中按照度值排名前5位的lncRNAs为ADIRF-AS1、LINC00632、DIO3OS、MIR1-1HG-AS1,排名前5位的miRNAs为miRNA-326、miRNA-185-5p、miRNA-532-3p、miRNA-93-5p和miRNA-149-5p。(3)PPI网络分析显示IUA的关键基因为AURKA,CDC20,IL6,ASPM,CDCA8,BIRC5,UBE2C,H2AFX,RRM2和CENPE,ceRNAs富集的生物学功能包括血液循环、肌肉器官发育、多细胞有机体信号传导、离子跨膜转运的调节、肌动蛋白介导的细胞收缩等。富集的KEGG通路包括肥厚型心肌病(HCM)、血管平滑肌收缩、cGMP-PKG信号通路、粘着斑、c AMP信号通路等。(4)回归分析显示ceRNAs表达水平之间存在良好的正相关性(r>0.700,p<0.001)。结论:本研究创新性地建立了宫腔粘连中lncRNA-miRNA-mRNA网络。ADIRF-AS1、MBNL1-AS1等lncRNA,miRNA-339-5p、miRNA-874-3p、miRNA-326、miRNA-503-5p、miRNA-149-5p等miRNA,MAPK10、SLC6A9、HLF、AHNAK2、MYL3、POPDC3、PLN等mRNA可能在IUA的发生发展中发挥重要作用。cGMP-PKG信号通路和离子转运可能是探索宫腔粘连发病机制的新方向。
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