利用qPCR与LAMP技术对两种常见食源性致病菌的快速检测研究

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本文以食源性致病菌单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)和金黄色葡萄球菌(Staphyloccocus aureus)作为主要研究对象,将不同方法提取的菌体DNA用荧光定量PCR(qPCR)和环介导等温扩增技术(LAMP,Loop-mediated isothermal amplification)进行检测,确定了不同检测方法对这两种常见食源性致病菌的检测灵敏度;此外,将核酸适配体与LAMP检测技术结合,建立了对单增李斯特菌的AMC-LAMP检测体系,以缩短检测时间,提高检测灵敏度。具体研究结果如下:1.建立了利用qPCR技术对单增李斯特菌和金黄色葡萄球菌的特异性检测体系。检测结果显示:对纯培养菌液,qPCR对单增李斯特菌的检测限为1.12 CFU/mL,对金黄色葡萄球菌的检测限为1.04CFU/mL;在人工污染鱼肉样品中,qPCR对单增李斯特菌检测限为1.12×101 CFU/mL,金黄色葡萄球菌检测限为1.04×101 CFU/mL。比较试剂盒法和热裂解过柱法对菌液DNA的提取效率,试剂盒法DNA提取效率更高,但是提取时间需要90 min,适用于灵敏度要求高、菌体含量少时的检测;热裂解过柱法的菌体DNA提取效率为试剂盒法的的32%,因而后续qPCR检测灵敏度下降10倍。但是该方法DNA提取时间仅需11 min,适用于灵敏度要求不高、大量样品中菌体DNA的快速提取。2.建立了利用LAMP技术对单增李斯特菌和金黄色葡萄球菌的特异性检测体系。研究结果表明:对纯培养菌液,两种菌在60℃时LAMP扩增效果最好;单增李斯特菌的检出时间为32:31 min,最低检出限为2.0×101 CFU/mL;金黄色葡萄球菌的检出时间为30:43 min,最低检出限为1.3×101 CFU/mL。在人工污染鱼肉样品中,单增李斯特菌最低检出限为2.0×102 CFU/mL,金黄色葡萄球菌最低检出限为1.3×102CFU/mL。同样,热裂解过柱法菌体DNA提取效率降低,后续LAMP检测灵敏度也降低10倍。将LAMP反应液进行预混后-20℃保藏,28 d内不会影响金黄色葡萄球菌检测的灵敏性,这为LAMP预混试剂盒的开发建立了基础。3.以LAMP检测技术为基础,结合热裂解过柱法提取菌体DNA,进行适用于现场快速检测金黄色葡萄球菌的LAMP预混试剂盒的试制。将LAMP反应液(Reaction buffer、Bst聚合酶、引物和ddH2O)进行预混和分装后,对预混液试剂盒的贮藏温度、保质期、重复性、可靠性进行测试。结果显示,预混试剂盒在-20℃或-80℃的贮藏条件下,保质期为300 d,并且在保质期内检测结果重复性好,灵敏度不发生变化。4.将适配体磁性捕获与LAMP技术结合,建立利用AMC-LAMP对单增李斯特菌进行检测的实验体系。选取4条与单增李斯特菌结合亲和力较高的适配体,构建适配体共轭磁珠,用于靶标菌的富集和磁性捕获。测得适配体对单增李斯特菌的捕获效率为37.66-75.35%。优化LAMP反应条件,确定FIP/BIP用量为1.6μM,FLP/BLP用量为0.4μM,F3/B3用量为0.2μM,反应温度为63℃时反应效果最佳。所建立AMC-LAMP的检测限为5 CFU/mL,总检测时间约为3 h,适用于实际食物样品中单增李斯特菌的现场快速检测。
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