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本研究利用绵羊基因组中2号染色体上的13个微卫星(Microsatellite)标记(OarFCB0226,BMS0887,BMS1341,BMS678,BMS1591,OarCP0079,OarFCB20,BMS1126,BMS2626,BM6444,BMS0356,BMS2113,OarFCB11)，对凉山半细毛羊群体在这13个微卫星标记座位上的等位基因频率、微卫星的多态信息含量(PIC)、群体的杂合度(Heterozygosity)进行了分析，并对微卫星标记应用于群体遗传多样性研究方面存在的问题进行了探讨。 实验结果表明，所选择的13个微卫星标记在凉山半细毛羊群体中表现出良好的多态性，每个微卫星标记平均检测到11.1个等位基因(5～18个)，13个微卫星标记的平均多态信息含量(PIC)为0.609(0.309～0.825)，平均杂合度为0.504(0.408～0.549)。微卫星的多态性和Genbank中的结果存在差异，其原因可能是实验群体和群体大小的差异所引起的。 凉山半细毛羊不同群体的各项指标差异不大，所计算的群体内较高的杂合度表明其遗传多样性比较丰富，而且具有较高的选择潜力。这些结果与根据形态学及育种历史等进行的预期结果基本一致，表明微卫星标记适宜于群体遗传结构的研究，是畜禽遗传多样性研究与保护的有效分析手段。各群体由不同微卫星标记所反应的群体杂合度具有较大的差异，如对于整个群体而言，微卫星标记BMS1591检测出的结果H=0.052，而用微卫星OarFCB20检测出的结果H=0.863，说明采用少量的遗传标记进行群体杂合度的检测，其结果并不一定能够反应出群体的真实情况，为了使实验结果更加准确，应对使用的分子标记进行适当筛选，并尽量研究更多位点的变异，以获得基因组遗传变异更加全面的信息。在畜禽育种工作中，对数量性状进行QTL定位和标记辅助选择(MAS)的首要工作是寻找与决定某一性状的QTL相连锁的各种多态性好、重复性好的分子标记，本实验也为凉山半细毛羊群体一些重要生产性状的QTL定位奠定了基础。