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牛病毒性腹泻病毒为黄病毒科瘟病毒属的代表种,主要宿主为牛、羊、猪和鹿等,造成牛病毒性腹泻/粘膜病。目前该病毒在世界范围内广泛分布,特别是美国、新西兰等养牛业发达的国家。因此,牛病毒性腹泻病毒是造成全球乳/肉牛养殖业经济损失的主要病原体。根据遗传和抗原性差异,该病毒分为BVDV-1及BVDV-2两种基因型,BVDV-2急性感染所导致的临床症状更加严重。国内目前尚无商品化BVDV疫苗,国际上BVDV疫苗以BVDV-1株为主,加之BVDV毒株间交叉免疫保护性不强,亟待加强对BVDV-2型疫苗的研究。本研究以一株培养特性稳定、免疫原性好、无致病性的BVDV毒株,分离于我国的牛源牛病毒性腹泻病毒JZ05-1毒株,为研究对象。通过基因型鉴定、全基因序列测定以及生物信息学分析方法研究其遗传背景及毒株特性。BVDV JZ05-1毒株感染MDBK细胞后导致典型的致细胞病变效应,是一株cpe生物型毒株。荧光抗体检测和RT-PCR基因分型结果表明该病毒为一株BVDV-2毒株。牛病毒性腹泻病毒基因组为单股正链RNA,无Poly(A)尾,因此传统的3’-RACE方法不适用于BVDV的3’-末端克隆测序。本研究根据BVDV基因组3’-末端共有特征碱基(GCn),设计回文锚定引物CGend。以BVDV JZ05-1毒株为研究对象,进行了反转录及3’-末端克隆测序。结果表明,CGend的反转录效果优于随机引物和一般下游特异性引物,并且扩增得到了JZ05-1的3’-末端序列。本研究为瘟病毒属病毒的反转录和3’-末端克隆测序提供了新的实验思路。使用逆转录-聚合酶链式反应方法分别扩增覆盖基因组全长的八个片段并克隆测序,拼接获得该病毒的全基因序列长12285核苷酸,GenBank登录号:GQ888686。该病毒基因组具有一个11 694 nt可读框编码多聚蛋白,5’-UTR长387 nt、3’-UTR长204 nt。对BVDV JZ05-1的5’-UTR和全基因序列分别进行分析,发现该病毒为BVDV-2a亚型。BVDV-2型多数毒株之间相似性约为96%。JZ05-1全基因组序列与加拿大p11Q毒株和中国XJ-04毒株的相似性最高,为90%和91%。可见,JZ05-1全基因组序列与BVDV-2型其他毒株序列具有较大差异。JZ05-1非编码区RNA与其他BVDV-2毒株相比,具有独特的二级结构域,碱基突变除发生在可变区外,主要存在于颈环结构交界处。BVDV基因组无大段插入、缺失,点突变多数为中性突变,氨基酸残基突变主要为非极性小侧链氨基酸间替换。RdRp蛋白中可变氨基酸主要位于可及性较好的蛋白分子表面,氨基酸的突变一般不影响蛋白质的三级结构和酶活性中心。