蝶类是无脊椎动物中令人喜爱的类群之一,世界性分布。其种类繁多,形态各异,色彩缤纷。目前,它们已越来越多地受到国内外许多学者的重视并加以研究,已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物。国内外昆虫学家对蝶类采用不同的分类系统。目前国内的分类体系主要是基于传统的形态学分类,分子上的证据还很匮乏。本研究利用16S rRNA基因序列对凤蝶亚科4族12属35种进行分子进化和系统发育关系的研究,结果表明燕凤蝶族构成凤蝶亚科蝶类系统树基部的一个独立分支;燕凤蝶族和裳凤蝶族为单系发生,且裳凤蝶族聚在凤蝶族内部。综合分子系统学、形态学及寄主植物等相关证据,推测斑凤蝶类为凤蝶族中早期分化的一支;较之裳凤蝶类,斑凤蝶类可能更早从二者最近的共同祖先中分化出来。除了对一级结构特征的分析外,本研究还首次利用线粒体16S rRNA二级结构对当前国内蝶类所有科级分类单元的主要代表种进行分子形态学的研究。比较分析结果显示:它们大多都具有相似的二级结构,除了白弄蝶、银灰蝶和梯翅褐蚬蝶有5个亚区外,其它蝶科代表种均有6个亚区。形态学、分子形态学及系统学等研究结果的综合分析显示:锯凤蝶类可能是凤蝶类和绢蝶类的中间型;支持粉蝶科和绢蝶科有近的亲缘关系以及蚬蝶科和灰蝶科为姐妹群的推测,并建议将喙蝶类移入蛱蝶总科中;另外综合证据也表明,给予珍蝶类和环蝶类二者亚科级分类单位可能更合适。本研究通过对凤蝶亚科以及蝶类各主要类群的16S rRNA基因序列的一级和二级结构的系统学分析,旨在为蝶类的系统分类和系统演化研究提供一些分子佐证,为进一步建立一个更为科学的自然分类系统提供部分相关基础资料。