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目的:乳腺癌是最常见女性恶性肿瘤之一,全球范围内每年有约150万女性罹患此症,发病率以每年6%的比率逐年上升,并逐渐呈现年轻化的趋势。阿霉素是临床治疗乳腺癌的一线用药,但长期用药会导致30%-70%的患者出现治疗效果减退,诱发患者产生阿霉素耐药甚至多药耐药性,导致肿瘤进展或转移,威胁患者生存。因此,探索和了解阿霉素在内的化疗药物的多药耐药发生的分子机制,筛选阿霉素耐药的关键分子靶点,对制定患癌个体精准治疗方案及提高阿霉素的治疗效果,延长病患生存质量具有重要的临床意义。方法:本文通过大浓度冲击法构建MCF-7/ADR耐药株,应用转录组测序技术完成基因表达分析、基因差异表达分析、可变剪接预测分析、新基因预测分析;应用KEGG、GO、COG、NR和Swiss-Prot数据库对差异表达基因进行功能注释分析,筛选阿霉素耐药相关的潜在信号通路和基因,最后通过qRT-PCR检测目的基因表达,验证测序结果的可靠性。结果:通过CCK-8法测定MCF-7和MCF-7/ADR对阿霉素的药物敏感性,结果显示其IC50分别为184.34±23.37μM和57.15±3.81mM,表明MCF-7/ADR耐药株构建成功,且耐药倍数达到310.09(P<0.001)。进一步药物敏感性检测结果显示MCF-7/ADR耐药株对紫杉醇也产生耐药。对MCF-7和MCF-7/ADR进行转录组测序并分析发现12种类型的选择性剪接,发掘新基因1241个。与MCF-7相比,MCF-7/ADR有3495个差异表达基因,其中上调2029个,下调1466个,通过基因功能注释发现MCF-7/ADR中MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路等相关基因表达都发生了变化。我们挑选并深度分析了有较大差异的15个家族基因,经文献查阅并最终选择HOX家族基因作为潜在耐药基因进行研究。通过qRT-PCR技术检测HOX家族的mRNA表达,经对比发现在MCF-7/ADR中HOX基因有24个基因表达上调,10个基因表达下调,且该结果与转录组测序结果趋势一致。经进一步探索HOX基因与耐药的关系,发现HOXB2、HOXB5、HOXB13、HOXC8、HOXD10基因可能参与乳腺癌细胞阿霉素获得性耐药。结论:经转录组测序分析我们得出HOX基因可能参与乳腺癌阿霉素的耐药机制,尤其是HOXB2、HOXB5、HOXB13、HOXC8、HOXD10基因的异常表达,不仅与乳腺癌阿霉素获得性耐药耐药相关,可能也参与其他癌症的耐药过程,但仍需进行临床大样本的鉴定及进一步的功能实验验证。