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本研究利用生物信息学方法,克隆了神经肽Y (Neuropeptide Y, NPY)的DNA序列,及NPY基因的PCR-SSCP检测。通过湖羊(Hu sheep) NPY单核苷酸多态的群体遗传学分析,和NPY单核苷酸多态性与早期生长性状间的关联分析,探讨了NPYSNPs湖羊早期生长性状相关分子标记的可能,以期为湖羊分子标记辅助育种提供一些依据。一、湖羊NPY基因的克隆及其生物信息学分析本研究对NPY的DNA序列进行多物种比对后,针对多物种的保守区设计了3对用于绵羊NPY基因克隆的引物,最终得到全长6721bp湖羊NPY基因序列,该序列编码97个氨基酸残基的NPY蛋白,分子量为1.072KDa,等电点为7.88。湖羊NPY蛋白序列与绵羊NPY蛋白序列的同一性最高(98.97%),牛次之(97.94%)、顺次为恒河猴(94.85%)、马(93.81%)、人(92.78%)、犬(92.78%)、猩猩(91.75%)和小鼠(88.66%),推定的湖羊NPY蛋白存在多个功能位点或功能基序,与目前研究获得的NPY的生物学功能一致。二、湖羊NPY PCR-SSCP检测及其单核苷酸多态的群体遗传学分析试验采用PCR-SSCP (?)勺方法对所克隆的湖羊NPY基因的全序列进行了SNPs检测。试验设计的23对引物中,在N10、N17、N20和N21这4对引物扩增序列中检测到了多态,湖羊群体中各位点的突变均以野生型为主,其中SNPN10、SNPn17检测到3种基因型,SNPN20、SNPN21为2种基因型。除N10的插入或缺失突变外湖羊群体在各多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),其中SNPN17的多态信息含量为0.2909,属于中度多态。湖羊肉用系核心群和普通群体SNPs的基因频率和基因型频率χ2检测结果显示,SNPN10、SNPN17(?)勺基因型频率存在极显著差异(P<0.01),且湖羊肉用系核心群体的SNPn10(缺失)、普通群体的SNP N17并未处于Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。湖羊肉用系NPY各位点基因效应分析表明,突变纯合型和杂合型都有增加断奶重的趋势。与湖羊出生重、断奶重、日增重的相关分析和偏相关表明,N10位点上的突变与日增重显著相关(P<0.05)。因此,本研究中发现的NPY SNPN10可能与湖羊早期生长性状存在一定关系,今后肉用湖羊品系的育种工作中可在该位点上进行深入研究。