胃癌相关环状RNAs的筛选和分析

来源 :江苏大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:a369747001
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
研究背景:胃癌是最常见的恶性胃肠道肿瘤之一,具有很高的发病率和死亡率,是严重影响广大人民的公共卫生问题之一。虽然21世纪以来医疗卫生的飞速发展推动胃癌诊断和治疗取得巨大进步,但是由于胃癌早期缺乏特异性症状,大多数患者在确诊时已经处于中期或晚期阶段,五年生存率仅为20%-40%。因此,研发能够早期敏感而特异诊断胃癌的分子标记物是当下的迫切要求。环状RNA(circRNAs)是近年来非编码RNA领域的研究热点,已经被证实能在包括癌症在内的多种疾病中发挥重要作用。本实验组旨在通过筛选5位胃癌病人的胃癌组织和配对癌旁组织,发现并且验证差异表达的环状RNAs,以环状RNA为胃癌特异性诊断靶点”精准诊疗模式提供基础研究。研究方法:本研究通过高通量基因芯片技术筛选5位胃癌患者的胃癌组织和配对癌旁正常组织,检测环状RNAs的差异表达,建立胃癌中的环状RNA表达谱。进一步对筛选出的环状RNA的预测靶基因进行GO分析和KEGG pathway分析,阐明其可能参与的功能。挑选上调或者下调倍数最大的4例环状RNAs,通过qRT-PCR技术在36对胃癌及配对组织中进行验证,并预测它们的microRNA作用位点,初步揭示可能作用的机制。研究结果:芯片结果显示:共有99个环状RNAs差异表达。其中胃癌组织中44个circRNAs上调、55个circRNAs下调。为了分析这些环状RNAs在胃癌发生和进展中的作用,我们对其靶基因进行了GO分析和KEGG pathway分析。结果显示:在GO分析的三大部分中,这些基因主要参与细胞代谢过程积极调节(GO:0048518)、系统发展(GO:0048731)和多细胞发育(GO:0007275)等生物过程;细胞链接(GO:0030054)、内膜系统(GO:0012505)和膜结合细胞器(GO:0043227)等细胞组分;蛋白质绑定功能(GO:0005515)、转录激活活性,RNA聚合酶Ⅱ转录调控(GO:0001228)等分子功能。在信号通路分析(pathway)方面,这些差异基因主要涉及到癌症中蛋白多糖通路和MAPK通路等。从这些差异表达的环状RNA中,本课题组进一步选取上调及下调差异最明显的4个环状RNA用于大临床样本的验证,即circ0004104(上调4.408倍)、circ0005615(上调2.651倍)、circ0004789(下调5.510倍)和circ0023736(下调4.769倍)。通过qRT-PCR在36例胃癌组织以及配对癌旁组织标本中进一步验证circ0004104、circ0005615、circ0004789和circ0023736的表达情况。结果显示在4个环状RNA分子在芯片中表达量和qRT-PCR表达量无统计学差异(circ0004104、circ0005615、circ0004789和circ0023736的P值分别为0.374、0.147、0.51和0.087)。本课题组基于TargetScan和miRanda算法,使用Arraystar的microRNA靶点预测软件来预测能与circ0004104、circ0005615、circ0004789和circ0023736作用的microRNA,结果显示circ0004104、circ0005615、circ0004789和circ0023736上存在多个microRNAs结合位点。研究结论:本研究基于基因芯片筛选并构建了胃癌相关环状RNAs表达谱,并通过qRT-PCR初步验证了芯片结果。选取circ0004104、circ0005615、circ0004789和circ0023736使用生物信息学方法预测其包含多个microRNA结合位点,其可能在胃癌发生发展中起到重要作用。
其他文献
由上海纺织科学研究院和上海飞达羽绒服装厂共同承担的“服装CAD系统应用与开发”项目日前在上海通过鉴定。 “服装CAD系统应用与开发”是上海纺织局下达的重大科研项目,上
并不是一切买卖都合理。逃课能够成为市场,固然显示了市场无孔不入的力量,更显示了市场对是非领域的穿破$$ 新华社报道说,一些大学里出现了“代人上课”的一条龙服务。有人出
报纸
通过对自主创业背景的分析,归纳出艺术设计类专业创业的优势和意义。对高职院校艺术设计类专生创业现状进行调查分析并指出存在的问题,最后构建了符合此类专业的自主创业模式
教育部日前印发《关于进一步支持高校校园实体书店发展的指导意见》,进一步推动校园书店建设。$$客观来讲,高校实体书店建设不可能千篇一律,各个书店在经营实践中会各具特色。不
报纸
目的:了解抗击SARS一线医务人员的心理健康状况,帮助缓解医务人员由于心身压力过重导致的心理问题和不良心理反应。方法:采用问卷调查方式对328名SARS一线医务工作者进行调查
江泽民曾指出“一个没有创新能力的民族,难以屹立于世界先进民族之林。”前苏联教育家高尔基也说过:“如果学习只在模仿,那么我们就不会有科学,也不会有技术。”当前,随着素
德国朗盛集团以强度和耐热性能卓越的德磐(Therban)系列氢化丁腈橡胶(HNBR),帮助领先的静态密封材料供应商克林格有限公司(Klinger GmbH)生产性能更可靠和耐久性能更好的新型
皖南烟叶公司三元烟站在芜湖县湾址镇百花村烤烟示范区组织开展了"秸秆压块"烘烤烟叶的试验研究,以探讨"秸秆压块"作为烤烟能源的可行性。试验结果表明,"秸杆压块"烘烤烟叶技
在外语教育中,外国文化教学的重要性已得到了广泛的认可。本文论述了外语学习者目的语文化意识培养的重要性.并根据语言学习的规律和特点,提出了培养学生跨文化意识的一些尝试和
渣油加氢装置原料黏度大,在催化剂床层易发生流体分布不均的现象,如不采取有效措施,在开工初期极易发生床层径向温差大、过早出现床层热点的问题,不但降低催化剂利用率,还会产生安