羽藓科（Thuidieace）是藓纲侧蒴双齿亚类、灰藓目中的一个大科，在世界范围内广泛分布，在世界广布，共有19属，311种，其中我国有17属，其系统位置介于薄罗藓科（Leskeaceae）和柳叶藓科（Amblystegiaceae）之间。1925年Brotherus将羽藓科分为4个亚科：异枝藓亚科（Heterocladioideae）、牛舌藓亚科（Anomodontoideae）、羽藓亚科（Thuidioideae）和沼羽藓亚科（Helodioideae）。这一系统曾被广泛接受，但由于该科的种类众多，配子体和孢子体形态、生活习性呈多样化，根据不同性状来研究其系统发育往往差异很大。目前，羽藓科科及亚科，甚至属的界定都存在着很大争议。随着分子生物学的发展，利用生物大分子数据，尤其是DNA序列分析，对研究和揭示植物的系统发育具有重要的意义。这使在充分利用已知各方面的证据基础上，进一步从分子水平揭示羽藓科的系统发育成为可能。本研究测定了羽藓科7属11种，薄罗藓科4属4种rDNA的ITS序列。并在GeneBank中搜索下载了相关科属（羽藓科，薄罗藓科，柳叶藓科）的ITS序列。连同本实验测定的序列（总计25属，50个分类单位），采用最大简约法（maximum parsimony method，MP）和邻接法（neighbor-joining method，NJ）对获得的序列进行分析，并构建分子系统树，探讨羽藓科的系统发育关系。结果表明，Brotherus系统中，羽藓科明显分为两支，其中一支包括羽藓亚科和沼羽藓亚科的大部分属，牛舌藓亚科的牛舌藓属、细枝藓属则构成另外一支，这支持了Noguchi，Buck&Vitt以及吴鹏程先生的观点：牛舌藓亚科独立成为牛舌藓科；以柳叶藓属为基础，大多数柳叶藓科的种属也构成一稳定分支，是广义羽藓科的姐妹群，但是湿原藓属等少数几个种属构成另一个分支，说明传统的柳叶藓科也是多系发生，并和麻羽藓属有某种关系，这种关系还有待更进一步探讨。薄罗藓科的四个属则成明显的多系性，分散在广义羽藓的两个分支里。