本论文利用分子对接方法对HIV-1 整合酶(IN)与抑制剂5CITEP相互作用方式进行了探讨,讨论第二个Mg2+对在整合过程中所起的重要作用,为基于整合酶结构的药物设计提供了参考信息。还利用该方法对一些有研究前景的抑制剂做了一些理论上的探讨。在第四章中,首先,利用Affinity程序对HIV-1 IN与5CITEP进行了分子对接计算,并且通过单Mg2+和双Mg2+的HIV-1 整合酶核心区与该抑制剂对接结果比较以及晶体结构的相关信息,从相互作用能和作用方式上初步确定了所引入的第二个Mg2+离子对稳定配体和受体的结合起了重要的作用,引入该离子前后相互作用能变化趋势很明显,配体和受体的作用模式比单Mg2+体系更加清晰。由前者的四类作用方式改变到两种,相互作用能提高了将近40kJ/mol。其次,我们就近来发表的一些的新的抑制剂利用同样的方法在理论上做了探讨,通过与实验上结果的比较给出了理论上的初步解释。