生物遗传资源承载着生态、美学等多方面的价值,是发展生物技术的基础。同时由于生物遗传资源具有较强的外部性特征,对其开发利用可能关系到生物安全和生物多样性的发展,这就需要生物遗传资源的行政主管机关在其中扮演十分重要的监管和服务角色,对生物遗传资源开发利用的全过程进行严格的把关。文章通过借鉴国际国外立法经验,立足我国生物遗传资源行政保护的现状,指出我国在立法、行政管理机构设置和执法存在的问题,诠析我国在新形势下对生物遗传资源行政保护面临的机遇和挑战,最后提出,加强生物遗传资源的行政保护需要制定一部专门规范生物遗传资源获取和惠益分享的法律,使行政主管机关切实做到有法可依；设置专门的生物遗传资源行政管理机关,在农业部下设生物遗传资源管理局,同时在省级和县级增设相应的管理机构；鼓励地方行业协会发展,形成多元主体共同参与生物遗传资源保护的模式；加强对生物遗传资源的收集、整理、鉴定和动态监测。