西瓜果斑病菌和黄瓜绿斑驳花叶病毒快速双模荧光检测方法建立

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西瓜细菌性果斑病(Bacterial fruit blotch,BFB)的病原为西瓜嗜酸菌(Acidovorax citrulli,Ac),是一种危害性极大的细菌性种传病害,具有发病迅速、爆发性强、传播速度快等特点,感染后严重影响西瓜产量和销量,带来巨大损失。黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)属于芜菁花叶病毒科(Tombusviridae),烟草花叶病毒属(Tobamovirus),是一种种传RNA病毒。受CGMMV感染的植物会通过机械接触快速感染其他健康植株,使产量显著下降。这二者均为我国重要的检疫性病害。基于此,本研究建立了两种针对上述病原物的田间快速检测方法,主要方法与结果如下:1.建立西瓜细菌性果斑病的重组酶聚合酶恒温扩增(RPA)现场快速双模荧光检测本研究在普通RPA中引入荧光探针,根据荧光探针的特性,一方面利用荧光仪器实时监测RPA扩增情况,另一方面在RPA扩增终端,利用蓝光照射进行可视化分析,建立了两种模式的荧光RPA的分析方式。在实际样品的现场检测中,利用Na OH简化了DNA提取步骤,结合便携式荧光监测仪和蓝光灯,最快可在5 min内检出,且灵敏度与RT-PCR相当,实现了对西瓜细菌性果斑病的现场快速双模荧光检测。2.建立黄瓜绿斑驳花叶病毒CRISPR/Cas13a-HCR现场快速双模荧光检测本研究将Cas13a的反式切割与杂交链式反应结合,设计了一条含尿嘧啶(U)的茎环结构引物,使U被切割后顺利开始后续的自组装循环,开发了一种CRISPR/Cas13a与HCR结合的无扩增检测方法,并在杂交引物中加入荧光基团,实现对CGMMV的现场快速双模荧光检测。该方法检测限低至0.6 pg/μL,可对qRT-PCR中Ct值在37左右浮动的样本做到有效检出,且能在30 min完成检测。
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