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家禽生产中饲料成本可以占到整个饲养成本的70%,饲料成本的不断上涨和畜牧业对环境带来的压力使得饲料转化效率性状的选育仍为育种学家关注的焦点。本研究利用动物模型结合平均信息最大似然法(AI-REML),估计了北京鸭饲料转化效率相关性状的遗传参数,揭示了北京鸭剩余采食量(residual feed intake RFI)与其他重要经济性状的遗传相关,为北京鸭的育种提供了理论依据。应用iTRAQ技术和生物信息学技术分别分析了北京鸭双向选择RFI性状后不同品系之间肝脏、胸肌以及皮脂的蛋白质组表达差异,以期从蛋白质水平上揭示RFI性状差异形成的分子机制。对4个北京鸭专门化品系的RFI性状进行了连续5个世代的选育,各品系的饲料转化效率和瘦肉率均显著提高,皮脂率显著降低。本研究得到如下结果:1、北京鸭14日龄体重(BW14)、42日龄体重(BW42)、采食量(FI)、料重比(FCR)、胸宽(CW)、龙骨长(KL)、胸肌厚(BMD)、胸肌体积(BMV)、RFI和平均日增重(ADG)的遗传力在0.298~0.414之间,为中等或中上遗传力。RFI、FCR和FI的遗传力分别为0.41、0.384和0.327。RFI与FCR(0.655)、FI(0.626)呈正遗传相关;与体尺、ADG和肌胃重呈负遗传相关(-0.588~-0.286);与BW42没有显著遗传相关(-0.077)。FCR与除RFI和FI之外的各经济相关性状均呈负遗传相关。高RFI群体北京鸭的皮脂重、腹脂重以及皮脂率等性状显著高于低RFI群体;而胸肌重和饲料转化效率则显著低于低RFI群体。表明RFI性状可以作为北京鸭饲料转化效率、瘦肉率选育的候选性状。2、对4个北京鸭品系RFI性状进行了5个世代的选育,各品系的饲料转化效率和瘦肉率均得到显著提高,皮脂率得到显著的降低。父本父系(A)、父本母系(B)、母本父系(C)、母本母系(D)四个品系饲料转化效率分别下降了0.23,0.26,0.15和0.17。B系胸肌重增重最高,为201.7g,C系腿肌重增重最高,为53.4g。B系胸肌率提高最大,达到4.64个百分点,B系腿肌率提高最大,达到3.34个百分点,C系皮脂率降幅最大,达到9.07个百分点。3、蛋白质组学分析结果表明,与高RFI品系北京鸭相比,低RFI品系北京鸭肝脏中高表达的蛋白25个,低表达的蛋白9个;低RFI品系北京鸭胸肌中高表达的蛋白34个,低表达的蛋白21个;低RFI品系北京鸭皮脂中高表达的蛋白34个,低表达的蛋白25个。生物信息学分析结果表明:肝脏中差异蛋白主要参与糖代谢和应激反应过程;胸肌中差异蛋白主要参与肌肉发育和抗氧化应激等生物学过程;皮脂中差异蛋白主要参与脂肪的合成、代谢和应激反应等生物学过程。4、热休克蛋白家族、过氧化氢酶等蛋白在低RFI品系北京鸭组织中的高表达降低了该品系的应激反应,提高了饲料的转化效率;脂肪酸合酶、载脂蛋白以及围脂滴蛋白等脂肪酸合成相关蛋白在高RFI品系北京鸭中的高表达初步揭示了该品系脂肪沉积能力强的分子机制。肌原蛋白、肌动蛋白以及肌酸激酶等肌肉发育相关蛋白在低RFI品系北京鸭胸肌中的高表达为进一步研究该系胸肌率高的分子机制提供了方向。