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微卫星标记由于多态性高、共显性等特点被广泛应用于生物群体遗传结构分析、遗传连锁图谱构建等方面。石斑鱼是重要的世界性海水养殖鱼类,然而其遗传多样性的研究还十分有限。目前在石斑鱼中缺乏足够的微卫星标记。因此,为了评估石斑鱼的遗传多样性,进行分子辅助育种以指导生产,迫切需要开发大量的微卫星标记。通过FIASCO法构建七带石斑鱼(Epinephelusseptemfasciatus)、青石斑鱼(Epinephelus awoara)、美洲黑石斑鱼(Centropristisstriata)的基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,酶切片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pMD18-T载体上,转化至DH5α中。菌落PCR法筛选阳性克隆,挑选不同大小的阳性克隆测序(ABI 3730)。从七带石斑鱼、青石斑鱼、美洲黑石斑鱼的基因组微卫星富集文库中,分别得到66,56,39个微卫星序列。应用primer3软件对所筛选的微卫星序列进行引物设计,分别得到55,36,28对引物。通过6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行筛选,3种石斑鱼中分别得到12,12,11个多态性微卫星标记,并对各个位点等位基因数目、等位基因片段大小范围、观察杂合度、期望杂合度指标进行初步分析。结果表明:FIASCO法能有效提高微卫星标记筛选效率。将研究所得到的多态性微卫星标记在这3种石斑鱼中互相跨种扩增。大部分座位能得到较好的扩增结果。因此,可将本研究开发的微卫星标记尝试性地用于其他石斑鱼的遗传多样性等研究,为石斑鱼基因组结构分析、标记辅助育种以及数量性状基因的定位等研究提供候选微卫星标记。