反垄断法作为市场经济国家的“经济宪法”，对社会经济自由、公平和有效竞争秩序的建立以及国民经济的协调和有序发展都发挥了极其重要的作用。而反垄断法适用除外制度作为反垄断法的一项基本制度，在处理规模与效率、垄断与竞争的关系中凸现出不可替代的积极作用，也正因为如此，包括中国在内的世界各国都从立法选择、适用对象、执行程序等方面积极确立了反垄断法适用除外制度。纵观当今世界各国反垄法，不管是美国的《谢尔曼法》，德国的《反限制竞争法》、日本的《禁止垄断法》、欧盟的竞争法、还是我国的《反垄断法》，尽管各国法律存在差异，但在反垄断法中规定适用除外制度却反映出国际化与统一化的趋向。各国都承认垄断在现实经济中，不但有其存在的必然性，而且也有其合理性和历史进步性，因而在特殊情况下，国家对部分自然垄断行业或有利于促进社会整体利益的垄断行为规定适用除外，从而促进社会经济的整体效益。我国反垄断法在社会各界的千呼万唤中，终于在2007年8月出台，其中对滥用市场支配地位、垄断协议和经营者集中等方面的规定体现了我国反垄断立法规制的主要内容，但反垄断法对于适用除外制度的规定尚不完善，仅仅是对个别经营者集中类型进行了规定，辅之以笼统地对于知识产权等特殊行业的适用除外规定。本文试图通过对反垄断法适用除外制度的概念、特征、功能等基本理论分析，从经济基础、政策基础、法学基础、道德基础四方面阐述反垄断法适用除外制度生成的合理性，在比较世界各国反垄断法适用除外制度的基础上，对我国反垄断法适用除外制度的现实因素和立法背景进行考证，进而提出对我国反垄断法适用除外制度完善的建议。