在技术创新日趋复杂化的今天,单个企业的创新能力已经无法满足创新市场的新要求,网络条件下的合作创新应运而生。在经历了早期的产业集群发展后,我国开始走上了整合区域资源,合理规划建设产业科技园区的新时期。在“火炬计划”和“十二五”纲要的推动下,我国高新技术产业园区不断扩围,在取得巨大发展成果的同时也面临着一些风险。区域协同创新网络是高新技术集群及园区在创新功能方面的抽象。研究区域协同创新网络的风险对于我国现今数以千计高新区的健康发展具有深远的意义。本文首先进行了相关文献的梳理,按照“区域协同创新网络风险”的研究脉络,对“协同创新”、“区域协同创新”、“创新网络”、“区域协同创新网络”以及风险进行了回顾,并界定了区域协同创新网络在文中的定义,明确了“区域协同创新网络的结构风险”这一研究对象。其次,鉴于系统动力学的理论和方法,对区域协同创新网络的结构进行了剖析,把现有的风险类型嵌入到“三角结构”中形成系统动力学模型的理论基础。建立区域协同创新网络结构风险形成过程的因果关系模型,重点结合国内外具体案例,对析出的主要回路进行分析。最后,通过全国38家软件园基地的数据整合,建立了区域协同创新网络结构风险的系统动力学模型并完成了模型有效性的检验。基于大连市软件园2012年的实际数据对而后十年间的风险发展趋势进行预测,对风险模型中的关键变量进行敏锐分析,找出需重点关注的风险易发缺口。本文从区域协同创新网络的结构入手,提供了研究其风险的全新视角,并采用描述结构的变量作为衡量区域协同创新网络风险的窗口变量。得出的主要结论有：加强与外部协同网络的交流相比加强内部协同网络的联系对于防控本区域协同创新网络的风险效果更为显著；核心协同网络内的合作程度对于防控风险的正效应显著而负效应相对有限。区域协同创新网络系统动力学模型的建立旨在预测区域协同创新网络的风险,对于高新技术园区的发展起到了指导和警示作用。