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苦荞是一种适合生长在高海拔地区的耐寒抗旱作物,选育高产、富含黄酮含量是苦荞育种的重要目标。定位苦荞重要性状的QTL、挖掘QTL区间的候选基因及紧密连锁分子标记有利于解析其遗传变异机理和分子标记辅助育种。本研究以“小米荞”为母本,“晋荞2号”为父本构建的重组自交系(SJ-RILs)221份株系为供试材料,通过三年田间试验,调查了的籽粒黄酮含量、株高、分枝数、千粒重、长宽比、粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒直径、籽粒圆度等共12个性状的变异,分析了基因型和环境对各调查性状的影响,比较了不同粒色、不同果壳型株系籽粒黄酮含量与农艺性状的差异,探究了影响苦荞籽粒黄酮含量及籽粒产量的农艺性状,筛选了高黄酮含量和高产的优异株系。基于已构建SJ-RILs群体的高密度SNP遗传连锁图谱,对调查性状进行QTL定位及分析。具体内容如下:1.SJ-RILs群体各性状的变异分析三个年份中,“晋荞2号”的千粒重、粒长、粒宽、长宽比、籽粒面积、籽粒周长、籽粒直径、籽粒产量、籽粒黄酮含量均显著高于“小米荞”,籽粒圆度显著低于“小米荞”,分枝数与“小米荞”无差异。SJ-RILs群体各性状的基因型和环境的双因素方差分析表明,除粒长、粒宽、长宽比与籽粒圆度外,环境对其他8个性状均有极显著影响;除分枝数外,其他11个性状存在极显著的基因型差异。三个年份中,SJ-RILs群体中籽粒黄酮含量的范围是1.34%~3.13%,变异系数范围为9.16%~12.37%;农艺性状的变异系数范围在4.59%~25.45%,其中籽粒产量最大,千粒重次之,籽粒圆度最小;各性状呈现连续地近似正态分布,并存在明显的双向超亲现象。不同粒色和不同果壳类型的株系籽粒黄酮含量差异不显著。厚壳株系的千粒重、粒长、粒宽、长宽比、籽粒面积、籽粒周长、籽粒直径和籽粒产量均值显著高于薄壳株系,籽粒圆度均值显著低于薄壳株系。2.SJ-RILs群体高黄酮含量和高产优异株系的筛选三个年份中,SJ-RILs群体籽粒黄酮含量与农艺性状均无显著相关性;籽粒产量与千粒重、粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒直径均呈极显著正相关。千粒重与粒长、粒宽、籽粒周长、籽粒面积呈极显著正相关。籽粒产量与农艺性状灰色关联度均为:株高>千粒重>籽粒周长>籽粒面积>分枝数>粒长>籽粒直径>粒宽>长宽比>籽粒圆度。基于各性状表型值的聚类分析发现,SJ-140、SJ-148、SJ-167、SJ-213、SJ-202与SJ-207等6个株系在至少两个年份中籽粒产量与千粒重、粒长、籽粒面积、籽粒周长、籽粒直径极显著高于亲本晋荞2号,籽粒产量的范围为1957.08 kg/hm~2~2277.84 kg/hm~2,可用于高产优质苦荞的培养育种;SJ-67、SJ-72与SJ-190这3个株系籽粒黄酮含量在两个年份中极显著高于父本晋荞2号,籽粒黄酮含量的范围为2.39%~2.60%,可作为高黄酮苦荞育种推荐材料。3.SJ-RILs群体各性状的QTL定位及分析基于高密度的SNP遗传图谱对调查各性状进行QTL定位,共检测到97个QTL,LOD值介于2.55~43.31,表型贡献率变幅为1.21%~55.57%。8个连锁群均有分布,其中79.20%的QTL分布在第1染色体。根据QTL峰值和置信区间将这97个QTL整合成42个QTL区段,其中含有14个QTL簇可在同一性状不同年份或者不同性状中被重复检测到。位于第4染色体的Block8799~Block8802区段是稳定表达、同时控制籽粒黄酮含量和千粒重的QTL位点,区段内有11个功能注释的基因,其中2个与籽粒黄酮含量合成相关。位于第1染色体的Block337~Block339区段是一个稳定表达控制果壳类型的主效QTL位点,同时还控制籽粒直径、籽粒面积、千粒重,果壳类型表型贡献率为40.24%,区段内有5个功能注释的基因。位于第1染色体的Block894~Block895区段是另一个稳定表达控制粒型的主效QTL位点,同时控制粒长、粒宽、长宽比和籽粒圆度,表型贡献率在13.68%~51.76%,区段内有5个功能注释的基因。