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蚬壳花椒(Zanthoxylum dissitum Hemsl)又名单面针,是我国南方重要的珍稀林药资源。其根、茎、叶均可入药,临床上有祛风活络、散瘀止痛、解毒消肿之功效。蚬壳花椒中富含白藓碱、茵芋碱、熊果酸及黄酮甙类等多种珍贵药用成份,具有显著的抗病原真菌活性和良好的治疗高血脂、糖尿病、心血管疾病及癌症效果。与蚬壳花椒重要的经济价值、社会价值和科学研究价值相比,蚬壳花椒的分子生物学研究相对滞后,制约着蚬壳花椒的培育、关键基因资源的挖掘和次生代谢机理等研究。本研究以产自湖南张家界地区的蚬壳花椒种子为实验材料,将种子清水浸泡的对照组(OA)与GA浸泡的处理组(6A)采用第二代测序方法中的Solexa测序技术进行转录组测序,对测序结果进行了系统的生物信息学分析,并成功克隆了 PP2C基因全长,为今后蚬壳花椒在基因组学和分子生物学研究领域的发展打下了坚实的基础。主要研究结果如下:(1)样品经过提取RNA、制备cDNA文库、Solexa测序、过滤不合格序列和组装等步骤后,最终获得90,447条蚬壳花椒ALL-Unigene,总长度77,113,962 nt,平均长度为853 nt,N50长度1,407nt。(2)获得的 ALL-Unigene 与 NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO 六个库进行比对后,分别有 60,365、55,032、38,688、34,670、21,244、47,281 条比对到以上数据库。通过与COG数据库的比对,将其分为25个不同功能注释,其中涉及翻译后修饰、蛋白质转换、分子伴侣蛋白,DNA复制、重组和损伤修复,信号转导机制,翻译、核糖体结构和生物合成,碳水化合物转运和代谢等功能基因分布较多。(3)对ALL-Unigene进行GO和Pathway富集分析,得到55个不同功能分类和128个代谢通路。并进一步进行CDS预测,共获得61,885个CDS,通过Blastx比对到公共数据库获得了 59,338个CDS,用ESTScan软件预测获得2,547个CDS。(4)通过对对照组和处理组进行差异表达分析,得到差异表达基因34,433条,其中上调基因26,511条,占差异表达基因的76.99%;下调基因7,922条,占23.01%,在萌发的早期阶段发生大量基因上调,显示大量生理活动过程启动旺盛。对差异表达基因进行GO和Pathway富集分析,核糖体、柠檬酸循环(TCA循环)、谷胱甘肽代谢等富集显著程度最高,显示此阶段蛋白质合成旺盛,氧化分解供能强,抗氧化作用显著。(5)通过SSR分析,共获得17,262个SSR标记,分布SSR类型较多的是单碱基型、双碱基型和三碱基型共占总标记的94.02%,剩余四碱基型、五碱基型和六碱基型只占5.98%。(6)根据高通量测序结果,对蚬壳花椒PP2C基因设计引物,采用RACE技术成功获得了 PP2C蛋白全长序列。将此序列与高通量测序结果进行比对,两者具有极高相似性,表明高通量测序结果具有较高可信度。