本研究以宁夏地区荷斯坦青年母牛为研究对象,利用全基因组选择的方法,对五批次2511头青年母牛进行育种值计算;选择参加全基因组测定的989头青年母牛的产奶的四个性状(305d产奶量,乳脂率,乳蛋白以及体细胞评分)数据,利用BLUP法对其进行了遗传评估,通过秩相关对全基因组和BLUP法的计算结果进行相关性分析,及两种方法遗传进展的对比。结果表明:宁夏地区荷斯坦青年母牛五批基因组选择奶牛GCPI均值从第一批的283.32上升到第五批910.46,呈逐批上升的趋势,其中,产奶量的基因组育种值均值最大的是第四批为576.54;乳脂率、乳蛋白、乳房、肢蹄和体型基因组育种值均值都为第五批为最大值;体细胞评分基因组育种值均值五批次呈现逐渐下降的趋势,第四、五批均值最小,为3.00。七个性状五批次的基因组育种值估计准确性的均值在0.44到0.75之间,其中最大的为第四批泌乳系统的估计准确性为0.75,最小的为第三批体细胞评分的估计准确性为0.44。最终选取989头奶牛多胎次产奶数据的四个性状运用DMU软件进行计算,得到育种值与估计准确性均低于基因组选择数据。根据育种值与其他遗传参数计算得到CPI2指数,CPI2和GCPI秩相关系数为0.1004,gebv_milk和ebv_MYD秩相关系数为0.0531,gebv_fatp和ebv_PF 秩相关系数为 0.1376,gebv_prop 和 ebv_PP 秩相关系数为 0.1760,gebv_scs 和 ebv_scs秩相关系数为0.0375。秩相关系数较低,吻合程度不高。根据计算可得基因组选择遗传进展更大,产奶量的年遗传进展达到了 195.80远远高于BLUP法评估结果。该研究结果为宁夏地区荷斯坦奶牛核心群的选择提供重要的理论依据。