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近年来,利用mtDNA D-loop 区序列的核苷酸变异分析牛的遗传多样性和起源进化成为热点,国外有关牛mtDNA RFLP 分析及mtDNA D-loop 区序列的核苷酸变异分析的报道很多,而在国内还报道不多。本研究从我国山东省、四川省、海南省、广东省、福建省、江西省及黑龙江省采集鲁西牛(SJ)、渤海黑牛(SW)、宣汉牛(XH)、海南黄牛(HN)、徐闻黄牛(LZ)、闽南牛(MN)、赣南黄牛(T)与延边牛(YB)共8 个品种的33 个样品,利用PCR 技术,自行设计一对特异性引物,用Clustal W(1.82)软件对8 个黄牛品种33 个个体的线粒体DNA D-loop 区910 bp 全序列进行同源序列比对与分析,为中国黄牛的起源分化和遗传多样性进一步提供了科学理论数据。实验取得如下结果: 1. 检测到中国8 个黄牛品种33 个个体有21 种单倍型;在这21 种单倍型D-loop 区全序列中,碱基T 平均占28.5%,C 占24.9%,G 占13.6%,A 占33.0%。A+T平均含量为61.5%,G+C 平均含量为38.5%,说明中国黄牛D-loop 全序列富含A+T碱基。2. 检测到21 种单倍型有核苷酸多态位点71 个,约占所测核苷酸总长的7.80%,其中有61 个转换,7 个颠换,3 个转换/颠换共存。3. 中国8 个黄牛品种mtDNA D-loop 区核苷酸多样度(p 值)为0.00%～3.23%,单倍型多样度(H)为0.00～1.00,8 个黄牛群体D-loop 的核苷酸多样度(p 值)分2 个层次,海南牛、徐闻牛、赣南牛及延边牛的核苷酸多样度(p 值)最低,分别为0、0.22%、0.15% 和0.77%;闽南牛、渤海黑牛、鲁西牛和宣汉牛的苷酸多样度(p 值)很高,别为2.53%、2.88%、3.03%和3.23%。表明中国8 个黄牛品种mtDNA 遗传多样性比较丰富。4. 根据单倍型构建了中国8 个黄牛品种的NJ 分子系统树。聚类表明,中国黄牛有普通牛和瘤牛2 大母系起源。延边牛、渤海黑牛(SW10、SW15)、宣汉牛(XH6、XH9)、鲁西牛(SJ8、SJ27),它们与普通牛(ST)聚在一起,说明它们起源于普通牛;宣汉牛(XH7)、徐闻牛(LZ16)、鲁西牛(SJ5、SJ12、SJ19)、赣南黄牛(T11、T23)、海南牛(HN1)、闽南牛(MN4、MN5),它们与瘤牛(L27732)聚在一起,说明它们起源于瘤牛。5. 并探讨了用核苷酸多样度p 值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。欧洲牛、非洲牛和印度瘤牛都分别是单一起源,故其p 值较低;中国北方黄牛如延边牛是普通牛起源;南方黄牛如海南牛、徐闻牛和赣南牛是瘤牛起源,故其p 值相对较低。