黄河鲤SoxD亚家族基因结构、表达模式及功能分析

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Sox基因家族是一类与哺乳动物睾丸决定基因相关的转录因子,广泛存在于整个生物界中,参与生物的多个发育过程。本文中所研究的SoxD亚族属于Sox基因家族,已经被证实参与小鼠和人等生物的神经发育调控,在生物神经发育的多个过程及组织中都有表达,但它在淡水鱼中的研究还比较少。本研究首先从本实验室构建的鲤鱼转录组库中挑选出黄河鲤SoxD亚家族中的3个基因CcSox5、CcSox6和CcSox13,通过Blast搜索、DNAman比对、PCR测序验证等方法确定3个基因的全长序列,然后利用生物信息学的方法对基因序列结构进行了分析。结果发现:黄河鲤SoxD亚族3个基因的全长分别为2800 bp、3000 bp、2366 bp,分别编码780、784、602个氨基酸,每个基因都包含72个氨基酸的Sox基因家族特有的HMG-box基序。CcSox5和CcSox6分别含有2个外显子,1个内含子;CcSox13含有4个外显子,3个内含子。染色体同线性分析结果显示CcSox5和CcSox13在不同的物种中都与基因etnk相邻,这一点在进化上比较保守,但是Sox6未找到与其邻近的保守基因。分析3个基因5’侧翼上游2000 bp序列发现了与神经发育与分化相关的转录因子BSX、BRN4和NGN–NEUROD,说明SoxD亚族个基因的功能可能与黄河鲤神经发育相关。用qRT-PCR和原位杂交的方法对CcSox5、CcSox6和CcSox13在黄河鲤雌雄各个组织及胚胎发育的不同阶段的表达模式进行分析及定位,结果发现:CcSox5基因主要在黄河鲤成体脑中表达,在其他心、鳃、鳞等组织中表达量很低,在胚胎发育的初期表达量也不高,但在神经胚时期表达量显著升高;CcSox6和CcSox13也是在黄河鲤成体脑中的表达量很高,在其他组织比如肌、眼、心、脾等中也有少量表达,并且表达水平在雌鱼雄鱼中有很明显的不同,说明他们不仅与脑的发育相关,与性别发育可能也有一定关系。但CcSox6在胚胎不同时期的表达水平普遍偏低,CcSox13在发育的前期表达很高,在尾芽期往后表达量下降。用不同浓度的纳米银(AgNP)和硝酸银(AgNO3)溶液对黄河鲤胚胎、仔鱼及幼鱼进行处理,观察他们对黄河鲤发育的影响,结果发现处理会使胚胎发生多种类型的畸形,并且随着处理浓度的升高,胚胎的孵化率降低、畸形率升高、死亡率升高;仔鱼的死亡率也随着处理浓度的增高而升高;检测处理后胚胎的不同发育阶段及幼鱼的不同组织中CcSoxD亚族基因的表达水平结果发现随着处理浓度的升高,CcSoxD的表达水平在黄河鲤成体不同组织及胚胎发育的不同关键阶段都有不同程度的表达变化,说明纳米银和银离子对鱼类的生长及神经发育都会产生一定的毒害作用。综上所述,我们推测CcSox5、CcSox6和CcSox13三个基因在进化上比较保守,在黄河鲤胚胎发育的过程中可能发挥作用,并且参与黄河鲤神经及性腺发育。
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