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肌内脂肪含量被认为是影响畜禽肉质风味的主要因素,而作为影响畜禽肌内脂肪沉积的候选基因,心脏型脂肪酸结合蛋白(Heart-TypeFattyAcid-BindingProteins,H-FABP)基因对鸡肌内脂肪的沉积起着重要的作用。本研究利用生物信息学方法获得鸡H-FABP基因的mRNA序列及基因全序列,应用DNA池和测序技术以北京油鸡(BY)、莱航鸡(LH)、杏花鸡(XH)、隐性白洛克鸡(WRR)4个鸡种为材料在全基因水平上筛查了SNP,在此基础上选出3个SNP或插入缺失变异对F2代资源群进行了标记.性状关联分析,利用实时RT-PCR技术对不同组织的H-FABP基因mRNA表达水平上的差异进行了研究,进一步阐明该基因与脂肪性状的关系。
1.采用DNA池结合测序方法对鸡H-FABP基因进行SNP筛查。共检测到18个SNPs,一个14bp的插入缺失突变。18个SNPs中15处为转换,3处为颠换,其中17个位于内含子中,一个位于3’非翻译区。由于H-FABP基因的编码区在多个物种间都有着相当高的保守性,故未能在编码区发现变异。
2.利用华南农业大学杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞家系资源群,分析H-FABP基因G+926A位点与脂肪等性状的相关性,结果发现此位点与胸肌粗脂肪含量呈极显著相关。不同基因型间多重比较显示GG型个体均值最高,可见G等位基因可能是优势等位基因。
3.利用全同胞家系对14bp插入缺失位点与鸡脂肪等性状关联分析的结果都是差异不显著,但发现此点与70日龄和84日龄体重等生长性状的相关性达到极显著相关水平。
4.通过关联分析发现C+2851T位点仅与腿肌粗脂肪含量显著相关,其3种基因型对腿肌粗脂肪含量的最小二乘均值存在有显著的差异。其中CC基因型测定值的最小二乘均值显著高于其它基因型,由此可见C+2851T位点的C等位基因对胸肌、腿肌的肌内脂肪含量可能是优势等位基因。
5.分析3个多态位点在全同胞家系资源群F2代个体中的单倍型情况,结果显示群体中共出现8种单倍型,15种单倍型组合。将H-FABP基因3个多态位点单倍型组合与脂肪等性状做相关分析,结果发现:单倍型组合与脂肪带宽、胸肉重呈显著相关,与胸肌肉色呈极显著相关,与胸肌粗脂肪含量呈极显著相关。从单倍型组合的基因型间多重比较来看,基因型为H2/H1的组合,胸肌脂肪含量最高。由此认为,H2/H1是胸肌脂肪沉积优势单倍型组合。
6.采用实时定量技术检测H-FABP基因在阳山鸡多个组织中的表达量,发现此基因在心、肝、脾、肺、肾、胸肌、腿肌、腹脂、皮脂、脑、腺胃、小肠、卵巢、子宫、输卵管、垂体和下丘脑17个组织中均有表达,其中在心脏、腿肌、腹脂、腺胃、胸肌中具有较高的表达量,而在肝、脾、小肠、垂体等组织中的表达量非常少。
7.采用△△Ct法来度量H-FABP基因在60日龄和140日龄的组织表达差异发现:相对于60日龄,阳山鸡在140日龄时H-FABP基因在。肾、胸肌、皮脂、小肠中的表达量有了显著性的提高,而在腿肌、脾脏中的表达量则有极显著的提高。通过检测发现G+926A位点在实验用鸡中存在多态,3种基因型AA、AG、GG在不同组织中的表达量呈现出一种递增的趋势,基本上GG型在各种组织中的表达量是最高的。