第一，清代县政府的衙门设置及其调整。知县衙门是县政府中最重要的衙门，但不能以其为县政府的唯一衙门。事实上，清代县政府衙门设置的原则是因官设衙，其他因需而设的首领官(典史)、教官(教谕和训导)、佐贰官(县丞和主簿)、杂职官(巡检、盐大使等)等照例建置衙门，当然也有不置衙门的杂职官(医学训科、阴阳学训术、僧会司僧会、道会司道会等)。县内还可能分驻有品级更高的官员及其衙门。而各衙门内部的衙役设置因衙门因地因时而异。 第二，清代县政府的官和吏。一般而言，清代县政府普遍设置的官员有正印官知县，教官教谕和训导，首领官典史，杂职官医学训科、阴阳学训术、僧会司僧会、道会司道会。佐贰官县丞、主簿，其他杂职官巡检、盐大使、驿丞等，则是因需而置且因时而移的。县政府行政体制是正印官独任制下的官员分责分区制。此外，各县还设置有衙役和书吏，但因衙门因地因时而异。清代“衙蠹”之弊的根源在于体制的弊端。 第三，清代县政府的行政运行机制。县政府行政运行机制，包括县政府与上级、平级、基层及内部的运行机制，其中，内部运行机制是基础，与上级和基层的运行机制则是关键。行政运行方式主要是公文往来和人员往来，公文是人员往来的凭证，而人员则是公文往来的载体，二者密不可分。