侦查阶段适用认罪认罚从宽制度经过理论界的激烈讨论后,最新出台的司法解释《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》首次明确肯定了该制度适用于包括侦查阶段的刑事诉讼整个流程,从而完成了理论探讨向法律制度的转向,为后期侦查阶段认罪认罚的适用提供了明确的法律依据。而侦查阶段认罪认罚制度的适用,不仅是回应了当前我国认罪认罚制度的改革,而且是实践中提高侦查效率的重要制度。然而,由于理论研究不足以及司法解释比较抽象,我国刑事诉讼中认罪认罚从宽制度适用侦查阶段,还存在诸多的问题和挑战。因此,以问题意识为导向,结合当前侦查阶段认罪认罚实践中存在的问题,探讨我国侦查阶段认罪认罚从宽制度的适用规则,是当前研究的重要范畴和任务。研究我国侦查阶段认罪认罚从宽适用制度,一方面应从规范研究方法出发,从理论的维度论述侦查阶段认罪认罚从宽的一般理论,具体包括制度的概念、制度的理论争议以及制度的意义。另一方面应借助于规范研究方法和实证研究方法,分析认罪认罚从宽制度对侦查阶段的影响以及风险。认罪认罚制度对侦查工作的影响在于非法证据排除问题、案件的证明标准问题以及强制措施运用问题。而认罪认罚制度对于侦查阶段所引致的风险主要是非自愿性认罪问题以及虚假认罪问题。最后,针对侦查阶段适用认罪认罚从宽造成的影响和风险问题,应在理论的指导下提出认罪认罚侦查阶段适用的建议。首先,应正确认识侦查取证与认罪认罚的关系,其中强调侦查取证作为侦查工作的核心和规范侦查认罪协商制度是重要的方面。其次,应完善侦查程序中当事人权利保障机制,侦查机关应履行告知义务、健全律师参与制度以及完善侦查监督机制。最后,还应规范认罪认罚量刑协商制度,侦查阶段不能实质性进行量刑协商。