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猪繁殖与呼吸综合征(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV)引起的一种以妊娠母猪严重繁殖障碍以及仔猪的呼吸道症状和高死亡率为特征的传染病。PRRS自1987年首次报道发现于美国以来,现已遍及世界各主要养猪国家与地区,并已成为危害养猪业最严重的传染病之一。我国在2006年春夏交接之际,南方地区发生了以高热、高发病率和高死亡率为特征的传染病,而后迅速蔓延至周边地区,至2007年已遍及全国绝大部分省份。本研究通过对重庆地区部分毒株进行基因组全序列分析和部分毒株Nsp2基因和ORF5基因序列的测定和比较,解析重庆地区PRRSV流行毒株的分子遗传背景和基因变异情况,了解重庆地区PRRSV分子流行病学规律,为制定科学的防控措施提供充分的病原生物信息学资料。2008年从重庆地区疑似PRRSV感染的猪场采集病料,通过RT-PCR对病料进行PRRSV的检测,将阳性病料接种Marc-145细胞进行病毒的分离,成功分离到一株PRRSV,命名为CSY-1。通过实时荧光PCR的方法进一步鉴定CSY-1为变异PRRSV。采用RT-PCR和3′-Full RACE技术,分段扩增、克隆了2006、2007年分离到的PRRSV毒株CBB-1和CWZ-1的全基因组,测序后拼接获得了2个重庆分离毒株的全基因组序列。CBB-1、CWZ-1株全基因组长度分别为15353bp和15346bp,序列比较显示二者的基因结构相同。CBB-1、CWZ-1与欧洲型毒株LV株同源性低于62.0%,与美洲型传统参考毒株全序列同源性在89.3%～97.1%,与变异毒株的同源性高达98.9%～99.4%。参考国内外已发表的序列绘制进化树发现这2个分离毒株均属美洲型,与新型变异毒株的亲缘关系最近,处于同一分支。序列比较显示二者与参考变异毒株都在Nsp2不连续缺失30个氨基酸,并在各结构蛋白中存在众多的氨基酸点突变,PRRSV的毒力的增强和减弱可能正是由于多个突变位点的累积效应所引起的。采用RT-PCR方法扩增PRRSV的Nsp2和ORF5基因片段,分别获得了12个毒株Nsp2的基因片段和14个毒株的ORF5的基因片段。序列分析结果表明:与2006年以来国内流行的变异毒株相比,Nsp2与ORF5基因的核苷酸同源性达到97.3%～99.5%和98.2%～99.7%,推导氨基酸序列同源性分别达到95.7%～99.2%和98.0%～99.5%;与传统毒株相比,所有分离毒株的Nsp2基因和ORF5基因以及推导的氨基酸序列都存在众多的点突变,并且Nsp2于481位和532～560位不连续缺失30个氨基酸;从遗传进化以及变异情况看,我市流行的PRRSV主要为新型的变异毒株,与JXA1属同一亚群,这进一步证明了这种变异毒株成为我市的流行毒株。