【摘 要】
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该文就是从DNA序列和RNA序列的结构出发,分别探讨了与序列分析中的分子进化和基因识别相关的两个问题.全文共分四章.作为基础,第一、二章阐述了该课题研究的意义,分子进化、
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该文就是从DNA序列和RNA序列的结构出发,分别探讨了与序列分析中的分子进化和基因识别相关的两个问题.全文共分四章.作为基础,第一、二章阐述了该课题研究的意义,分子进化、基因识别问题的研究成果,介绍了核酸序列、基因、马尔可夫链的一些基本知识,为后续各章的研究奠定了基础.第三章从DNA序列一级结构中密码子的使用(codon usage)来研究分子进化.首先提出了修正非齐次模型,这是一个建立在完全基因序列和密码子偏好基础上的马尔可夫模型,更准确地反映了DNA序列的生物特征:密码子偏好和氨基酸使用,也就更适用于分析DNA序列.接着利用这个模型,从密码子使用的角度验证了分子进化的结论,即随着生物物种的进化,基因组中的DNAY邓列的碱基组成趋向于均匀,也即四种碱基A、C、G、T的频率趋向于1/4.第四章是用RNA-Z曲线方法识别RNA病毒基因.我们基于张春霆院士的Z曲线方法,结合RNA二级结构特征,提出了RNA-Z曲线方法,这是建立在RNA几何学上的一种直观、便捷的方法.我们还对此方法进行了细致的论证,给出了数值实验.
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