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乌龟(Chinemys reevesii)是我国的广布种,国外分布于日本和朝鲜,具有很高的食用和药用价值,其人工养殖在我国非常广泛。黄喉拟水龟(Mauremys mutica)是我国南方常见龟类之一,国外分布于越南和日本,是培植绿毛龟的优选品种,集美食、保健、药用与观赏于一身,受到消费者青睐,是当前龟类养殖的热门品种之一。由于生态平衡破坏、农药大量使用及人为滥捕等因素的影响,两种淡水龟类的野生资源明显减少,种质资源也面临着严重危机。乌龟在中国红皮书中被列为依赖保护,在IUCN和中国物种红色名录中被列为濒危(EN)等级；黄喉拟水龟在中国红皮书、中国物种红色名录以及IUCN中,都被列为濒危等级。乌龟和黄喉拟水龟都是我国龟类养殖的热门品种,带动了我国地区经济的发展。另外,对于不存在“家化”问题的淡水龟来说,人工养殖就是一种迁地保护,这在很大程度上保护了野生龟资源。目前为止,人们对这两种龟类的种质资源尚不清楚,也缺乏遗传方面的信息。这与野生龟资源急剧减少、人工养殖迅猛发展的趋势相比,理论方面的研究明显不能满足生产实践的需要,这不仅阻碍了对该物种野生资源的有效保护,而且也极大地制约了其规模化养殖和产业的可持续发展。本实验通过磁珠富集法和FIASCO法对两种淡水龟进行了微卫星标记的开发,并对乌龟养殖群体进行了遗传多样性分析,以期能够为其保护和养殖业的发展提供理论基础。主要研究结果如下：1.利用磁珠富集法成功筛选出8个具有多态性的乌龟微卫星位点。这8个微卫星位点的等位基因数(NA)从7到17个不等(平均10.88),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(HE)的范围分别为0.321-0.966和0.703-0.920。经过连续的Bonferroni校正,有3个位点显著偏离了哈迪-温伯格平衡(Cre9,Cre37,Cre46),通过MICRO-CHECKER软件分析推测该偏离是由无效等位基因引起。在连锁不平衡检测当中,所有位点都是独立的,不存在连锁的现象,表明筛选出来的微卫星位点能够单独利用,并能够提供有效的遗传信息。2.通过FIASCO法成功筛选出14个具有高度多态性的黄喉拟水龟微卫星位点。等位基因数目(NA)从5到15不等。观测杂合度(Ho)和期望杂合度(HE)的范围分别为0.448-0.889和0.593-0.923。经过连续的Bonferroni校正,有7个位点显著偏离了哈迪-温伯格平衡(P<0.001) (Mmu3, Mmu4, Mmu7, Mmu8, Mmu9, Mmu10和Mmu11)。通过MICRO-CHECKER软件分析得到,这7个位点的无效等位基因频率范围为0.032到0.243。在连锁不平衡检测当中,所有位点都独立分开,不存在连锁现象。3.利用8个微卫星标记对7个乌龟养殖群体进行了遗传多样性水平的检测。结果显示：7个群体中共检测到等位基因130个,各位点等位基因数目(NA)为9-26个,平均16.25个；多态信息含量为0.57-0.92；观测杂合度(Ho)和期望杂合度(HE)分别为0.30-0.87和0.60-0.93,表明这8个微卫星位点的遗传多样性丰富。分子变异方差分析(AMOVA)表明,5.91%的分化存在于群体间,84.29%的分化存在于个体间。虽然乌龟存在着较高的遗传多样性水平和较低的群体间分化程度,但仍存在着明显的地理变异模式。UPGMA聚类分析得出湖北荆州(HBJZ)自聚为一支；湖南益阳(HNYY),湖南汉寿(HNHS),江苏苏州(JSSZ),上海(SH),浙江海宁(ZJHN),江西弋阳(JXYY)聚为另一支。其中湖北荆州(HBJZ)群体位于长江以北,其余6个群体分布于长江以南,这与他们在地理上分布距离的远近有着显著的相关性。另一方面,7个群体内部都存在着特有等位基因,提示群体间等位基因扩散受到一定程度的限制,同时在育种上,可以作为亲本选育的一个重要参考指标。