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黑鹳（Ciconia nigra）是一种分布广泛、体态优美的大型迁徙性涉禽,我国仅有1000只左右,是重要的濒危物种。目前我国动物园中已经建立了稳定的人工饲养种群,成为这一个物种的活体基因库。为了更好的对人工饲养的黑鹳种群进行管理,本文从线粒体D-Loop区和微卫星两个方面对黑鹳种群的遗传多样性进行探究。黑鹳雌雄同型,形态学难以进行性别的区分,利用分子手段对黑鹳的性别进行鉴定。分别取用CHD基因的 1对引物CHD-1F/CHD-1R和EE0.6的2对引物AWS05/NRD4和SINT-F/SINT-R来鉴定,两组引物的鉴定结果相同,鉴定结果显示该种群的性别比例为1:1。在对黑鹳种群的D-Loop区进行扩增时,发现该种群存在核拷贝现象,拷贝的片段长度在3400-4200bp之间,这种插入属于中性突变,无不良影响。对D-Loop区的序列进行分析,共得到10个单倍型,23个多态性位点,单倍型多样性（Hd）为0.768,核苷酸多样性（π）为0.00744,平均核苷酸差异数（k）为4.504,说明该种群中的个体存在着严重的单倍型分布不均衡的现象。中性检验的结果显示,该种群存在着不显著的负选择的压力。对单倍型进行分析,10个单倍型中,6个单倍型各只有一个个体,在进行遗传管理的时候,要特别注意这6个单倍型,否则容易造成遗传多样性的丢失。利用单倍型计算遗传距离并构建系统发育树,10个单倍型之间的遗传距离在0.0033-0.0168,整体遗传距离为0.0101。研究中针对单倍型构建了 ML树和NJ树,两种建树的结果大体相似,都把10个单倍型分成了 2个分支,2个分支又分别分成了几个小的家系。关于Hap2的归属问题,NJ树和MJ树存在分歧,而且两种分类方式的置信度都偏低,因此把Hap2单独在小分支中独立出来。本研究选择了 29个扩增效果较好、具有多态性的微卫星位点共30对引物,通过交叉扩增,测试在黑鹳的可用性。共有18个位点能够成功扩增,其中1个位点（Cc01）分型困难,11 个位点（Cc05、Cc06、Cc42、WSμ13、WSμ14、Cbo102、Cbo121、Cbo133、Cbo151、Cbo168 和 Ah208）不具多态性,3 个位点（Cc03、Cc37）仅有 2 个等位基因,4个位点（Cc02、Cc04、Cc07、Cc10）显示出较高的多态性,等位基因数（NA）为4～10个,多态信息含量（PIC）为0.497～0.784,都符合H-W平衡（P=0.088～0.601）,可用于黑鹳的群体遗传学分析和遗传管理。利用这6个位点构建了NJ树,将种群分为了 3支,分支内个体的分布不均衡,表明该种群的亲缘关系较近。同时研究结果表明,系统关系越近的物种之间,微卫星成功交叉扩增率越高,但位点的多态性取决于种群的进化历史,而与亲缘关系无关。最后,根据该种群的遗传多态性状况,对其遗传管理提出了一些建议。