随着2010年两岸经济合作框架协议(ECFA)的签署与生效,大陆和台湾地区的银行业的合作步伐明显加快。而税收负担作为影响银行经营的重要因素,势必对两岸银行业交流与合作产生重要影响。因此深入研究两岸银行税负显得十分必要。本文通过对两岸银行税制概况的分析和比较发现,台湾地区流转税制较大陆地区更利于减轻银行负担,而随着大陆新所得税法的实施,所得税制得到了进一步的完善。本文分别选取2006-2009年大陆地区14家,台湾地区17家银行为样本,整理并计算了包括流转税负、所得税负和综合税负在内的两岸银行业实际税收负担。结合图表分析发现,大陆地区银行流转税负明显高于台湾地区,所得税负与台湾地区趋于一致,综合税负在名义所得税率降低的影响下,目前已经低于台湾地区。文章进一步地分析了两岸银行税负的影响因素。通过比较两岸税收制度和税负转嫁条件,认为两者是导致大陆银行流转税负高于台湾地区的重要原因。此外,通过建立面板数据模型,本文选取银行最主要的三项业务指标:存贷款净收入、手续费净收入和投资收益,分别考察了大陆和台湾地区银行的不同业务结构对流转税负的影响,实证结果表明由于流转税税基与银行业务特征存在关系,不同业务结构对税负的影响很大,其中传统存贷业务比重越大,银行承担的流转税负就越重。在所得税负的影响因素分析中发现,首先税收制度是导致两岸所得税负趋同的最主要原因;其次税负转嫁对所得税负也有着一定的影响;最后文章通过聚类分析和参数、非参数检验,将两岸银行业分大规模和小规模两类,再对不同规模的银行所得税负是否存在显著差异进行了检验,结果发现银行规模对所得税负并没有显著影响。在综合税负影响因素的回归分析中认为流转税负对综合税负的影响要远大于所得税负的影响。最后,本文提出减轻大陆地区银行税负,完善银行税制的几点建议,主要有:第一,合理划分银行业务收入,调低银行核心业务的营业税率,减轻大陆银行流转税负;第二,根据贷款不同的风险类型,采用不同方式计提呆账准备金;第三,深化财税体制改革并加快利率自由化进度;第四,加强两岸银行业的税收协调。