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斑嘴环企鹅(Spheniscus demersus)又名非洲企鹅,该种企鹅作为一种南半球特有观赏鸟类于上世纪90年代引入我国上海动物园,随着动物观赏市场需求变化,需要更多的斑嘴环企鹅来满足广大动物爱好者的观赏需求。但是圈养在动物园的斑嘴环企鹅由于无野外种群和圈养种群模式小,一般采用“拉婚配”的配种方式,加之养殖时间长,谱系关系记录不明确等原因,长期无计划繁育或者被迫近亲繁育,导致基因多样性严重匮乏,种群发展受限。为解决以上问题,本文对动物园圈养斑嘴环企鹅群体在线粒体DNA和核DNA层次进行了遗传多样性研究,以期确定我国圈养斑嘴环企鹅的亲子关系、谱系关系,为斑嘴环企鹅的合理繁殖制定科学的方案。本课题主要以圈养在上海动物园的斑嘴环企鹅种群为研究对象,主要采用非伤害性取样法,以46只斑嘴环企鹅胸部廓羽为主要实验样本,利用试剂盒法提取DNA。选择适当的引物进行PCR扩增反应,扩增ZW基因片段进行性别鉴定；利用MEGA4.0、 CERVUS 3.0、 POPGENE Version 1.32、STRUCTURE 2.2等分子生物学软件对线粒体DNA和核DNA进行遗传多样性分析,构建种群系统进化树,进行种群分析。结果如下：1.在39个斑嘴环企鹅个体中发现15个变异位点定义了10个单倍型,不同单倍型的遗传距离在0.002-0.019之间,平均遗传距离为0.012。利用NJ法构建系统进化树,10个单倍型分化为2个大的进化分支。利用相同的方法构建上海和已知日本种群的线粒体控制区系统进化树。与Murata和Murakami (2014)的研究结果相同,斑嘴环企鹅存在2个明显的世系(A和B),且上海种群的单倍型均属于包含单倍型数目较多的A世系。2.实验用PNN01、PNN03、PNN06、PNN09、PNN012、G2-2、B3-2、Sh2Ca21共8个微卫星位点在46个样品中共检测到34个等位基因,等位基因变化范围在3-6个。该套遗传标记系统单个位点排除率在0.56-0.87之间,有5个位点的DP>0.8.,其中PNN09位点的非父排除率最高为0.869,8个位点的累积个体识别力达到99.99%,完全可以用于斑嘴环企鹅的个体识别,检测没有亲缘关系的个体的基因型完全一致的概率小于10-14。利用软件CERVUS 3.0对该种群进行亲子关系鉴定,共确认出13组亲子关系。