当前，饲料质量安全问题引发的食品安全危机的频繁爆发使得如何更好地对饲料产品原料来源和组成进行溯源管理成为广大饲料管理者、科研工作者、生产者和消费者广泛关注的焦点。近红外光谱(NIRS)分析技术具有快速，准确，操作简便，无损，成本低，且测量重复性高的优点，是一种在饲料质量安全等众多领域都有着广泛应用前景的溯源技术；荧光定量PCR技术可以对饲料中不同物种的基因目标片断进行扩增，从而对饲料组分来源进行判别。本论文分别建立了配合饲料中豆粕、鱼粉两种成分的荧光定量PCR和NIRS定性和定量检测方法，并对两种检测方法进行了比较，为两种方法在饲料质量溯源管理中的推广应用提供了理论基础。本研究的主要结论如下：筛选了来源于编码鱼线粒体12S RNA的242bp的基因片段、来源于编码大豆线粒体ATP合成酶的137bp基因片段和编码大豆线粒体18S RNA的142bp基因片段，用作PCR试验中对配合饲料中鱼粉和豆粕成分进行定性检测内源标记物；利用荧光定量PCR技术分别建立了预测配合饲料中鱼粉、豆粕含量的标准曲线，鱼粉标准曲线的决定系数0.9615，两种豆粕特异引物得到的标准曲线的决定系数分别为0.9726和0.9767。用以上标准曲线预测未知样品中的鱼粉和豆粕含量，预测值与真实值的相关性分别为0.8875、0.9361和0.9295。可见，PCR技术用于鱼粉、豆粕的定性和定量检测结果尚可接受，但仍有很多不可控因素限制了该技术的应用。利用NIRS技术建立了鱼粉、豆粕的NIRS定标模型，模型的决定系数R~2分别达到0.9554和0.9857；SECV值分别为0.9541，1.1065；RSD均小于10％，RPD均大于3，定标效果良好。通过预测未知样品对所建模型的预测能力进行验证，定性预测的准确度较高。定量预测时，未知样品中鱼粉、豆粕的NIRS预测值与真实值间决定系数R~2分别达到了0.9871和0.9964；且RSD均小于10％，RPD均大于3，预测精度很好。结果表明，NIRS技术可以很好的对配合饲料中鱼粉、豆粕两种蛋白质原料进行定性和定量预测，实现对配合饲料蛋白质来源的跟踪溯源，保障饲料质量。总之，本实验对利用荧光定量PCR技术和NIR技术对配合饲料中的鱼粉和豆粕进行溯源(定性和定量)进行了新的探索，取得了较为满意的结果，这两种技术可做为对饲料质量安全进行有效溯源管理的新手段。