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植物内生真菌是一类丰富多样的微生物类群,是自然界真菌的重要组成部分,也是是生态学、农业及医药领域的研究热点。很多内生真菌能够产植物次级代谢产物甚至新型化合物,是生产植物次级代谢产物的潜在细胞工厂,也是新药筛选的重要来源,在医药领域具有巨大的应用潜力。本研究首先采用传统分离法分别从红豆杉和蛇足石杉中分离出609株和155株内生真菌,经形态排重,分别从红豆杉中选出67株和蛇足石杉中选出19株形态不同的菌株。通过进一步的分子生物学鉴定,红豆杉的67株内生真菌分别属于15个不同的属,蛇足石杉的19株菌包括8个属及1个未定分类地位的粪壳菌纲菌。并在红豆杉中首次分离出Glomerella属和Peyronellaea属；在蛇足石杉中首次分离出Neurospora属和Mucor属。本研究首次通过原位分析法对红豆杉真菌的多样性进行研究,即先提取红豆杉样品中的总DNA(宏基因组),然后用特异性引物直接PCR扩增真菌的ITS序列。以Identity≥99%作为同一基因类型的标准,从107个克隆中共检测到41种类型,其中包括传统分离法分离到的Fusarium、Cladosporium等5个属的内生真菌,其余种类如Mycosphaerella等子囊菌、Mrakiella等担子菌及未分类信息的未知菌则只在原位分析法中检测到。因此,两种方法的结合使用能更全面地反映红豆杉内生真菌的多样性。接着,采用基因探矿技术,以紫杉醇合成途径中的关键酶基因(bapt、dbat和ts)的保守区为探针,从红豆杉内生真菌中共筛选出40株PCR阳性的菌株。通过发酵和HPLC-MS产物检测对这些菌株进行复筛,最终确定Guignardia mangiferae HAA11、 Fusarium proliferatum HBA29、Colletotrichum gloeosporioides TA67具有产紫杉醇的能力。其中HAA11是目前发现的首株能够生产taxol的Guignardia属内生真菌。最后,通过化学法筛选产生物碱的内生真菌。该方法以Dragendorff试剂为检测剂,与酸性发酵液进行化学反应,共有4株菌(B14、SSA18、SSA5和DW42)的发酵液能与Dragendorff试剂发生沉淀反应,表明可能是产生物碱菌株；其中B14菌株中能产一种分子量为549的新型化合物,分子式为C23H43N5O10,其生物活性正在进一步研究中。