21世纪以来,基于知识的创新驱动模式日益成为当今世界主要发达经济体“新经济”发展的主要模式。在区域发展领域,区域创新对于推动产业升级、优化产业结构、消除区域冲突、协调区域发展意义重大。文章在借鉴国内外区域创新理论的研究成果的基础上,系统阐述区域创新内涵、体系及理论方法。结合合肥市区域创新发展现状,对合肥市产业发展现状和产业集群进行了分析,发现其中存在的优势和不足之处,构建出一个综合评价指标体系,并结合具体数据,依据评价体系对合肥市区域创新系统运行的实际情况进行效率评价,最后提出建议。本文共分为六个部分。第一部分为绪论。在绪论部分中,阐述了论文选题的意义、国内外研究现状、研究方法技术路线。第二部分系统阐述了区域创新的内涵、区域创新的理论和发展,并对国家创新系统和区域创新系统做了概述。第三部分详细介绍了合肥市的创新环境,以及合肥市目前产业发展现状,并分析了当前合肥市区域产业集聚建设中存在的问题,深入了解合肥市经济发展的问题。第四部分在阐述了合肥市区域创新环境的基础上,提出了合肥市区域创新体系组成部分和运行机制。第五部分是对合肥市区域创新系统的评价。论文采用了数据包络分析法(DEA方法)对合肥市创新系统的运行效率进行评价,从指标设计到数据处理进行了定量分析,分析了合肥市区域创新系统在技术投入产出和技术经济效益两个方面的有效性。第六部分,根据前文的评价结果,提出了对策及建议。构建合肥市区域创新系统的关键在于优化运行机制,立足于政府、市场、企业和高校四个方面,提出了切实可行的发展建议和对策。