自清末始,历届政府为纾解财政困境,都曾筹议开办印花税、遗产税、所得税等直接税税目,均因税收环境混乱和民间抵制未能成功。南京国民政府时期,虽然创办直接税的社会条件尚不成熟,但因应抗战的宏观背景,直接税制度成功建立起来。财政备战和改良税制是南京国民政府创办直接税的两大动因,也为新税的开征提供了合法基础和民意支持。南京国民政府最先开征的是作为直接税主要税种的所得税,由高秉坊主持成立直接税的最初机构——所得税事务处。伴随着新税的开征,全新的直接税制度建立起来。考训用人的人事制度和经征与经收分开的征收制度,是直接税不同于传统赋税的主要特点,但是理想的制度设计并没有得到很好的贯彻,造成制度与实践的脱节。随着抗战全面爆发,政府为寻找财政挹注,陆续开征了战时利得税、遗产税,接收了由地方管理的营业税和由税务署管理的印花税。在各项新税开征的过程中,实际负担税收的纳税人群体持反对态度或要求缓办,而社会舆论在民族主义的刺激下,整体上支持新税,使得直接税税政体系在抗战时期能够建立,1944年,直接税署正式成立。随着战时财政机构调整和国民党人事派系斗争,直接税署与主管货物税税务署历经反复合分后,于1948年合并为国税署。直接税的税收行政表现为政府的征税行为和基层税政运行。政府在征课技术并不成熟的情况下,根据实际需要先后实行申报与查账、估计、简化稽征等方法,由于商账制度的不完善,商民纳税意识薄弱而逃税漏税等原因,各种征税方法弊端百出,并出现摊派或包税。为提高征税效率,政府进行大力宣传、稽征竞赛、督征协征、奖励告密等措施,在一定程度上有利于税务推行。而直接税署基层税政的表现则宣告了国民政府税政活动的失败。在开征初期,税人清廉公正,严于律己,税务推进也比较顺利。随着直接税体系扩大,业务增多,人事日益复杂,特别是抗战中期货运登记的实行,为直接税税人贪污舞弊提供了机会,这是直接税“君子税”的税誉受到严重影响的重要原因,也使直接税成为战时基层税政最为社会所诟病的税种。而直接税增加财政收入的效果也不尽如人意,在抗战时期,政府财政收入的主要部分依然是间接税。直接税制度的建立没有达到预期目的,但是为中国走向现代租税国家奠定了基础。