基于生信分析的ORM1在严重烧伤休克中表达与功能的研究

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目的严重烧伤患者在最初的休克期有很高的死亡率,严重烧伤休克时宿主反应改变及其确切分子机制尚不清楚。本研究首先通过生物信息学分析,筛选出烧伤休克发生的关键基因,并探讨其对烧伤后中性粒细胞活化的抑制作用及机制,为改善烧伤休克的防治提供新的思路和可能干预措施。方法1.从GEO数据库中获取严重烧伤休克患者的基因芯片表达谱,利用R-studioru软件分析30个烧伤休克患者治疗前样本和13个健康志愿者样本的GSE77791数据集的差异表达基因(DEG),对筛选出的结果再与烧伤休克机制同源性进行关联分析,找出预期研究的目的基因,评估其在烧伤休克血清中的表达与调控。2.收集6例烧伤面大于50%且入院时已有休克症状的烧伤患者和5例正常志愿者的新鲜抗凝血,分离出中性粒细胞,行RT-PCR检测目的基因ORM1表达水平。3.分两部分进行基因功能实验:第一部分,分别用正常志愿者和烧伤休克患者血清刺激健康正常人的中性粒细胞,2.5h后采用流式细胞仪检测L-选择素荧光强度,并检测MPO含量(检测试剂盒)。第二部分,将健康正常人的中性粒细胞分为两组,一组加入20%的烧伤血清刺激,另一组加入20%的烧伤血清刺激的同时再加入ORM1(0.5mg/ml),2.5h后分别检测L-选择素和MPO含量,同时采用Western blot法检测两组p38 MAPK和ERK1/2的表达量。结果1.从数据集中共鉴定出1059个差异基因(508个下调基因和551个上调基因)。通过GO和KEGG富集分析显示生物过程(BP),细胞成分(CC)和分子功能(MF)中最丰富的八个富集,构建蛋白质互作网络图,使用Cytoscape进行了可视化。最后,再通过Cyto Hubba鉴定关键基因,筛选出七个与烧伤休克密切相关的关键基因:ARG1,CKAP4,C3AR1,ELANE,GGH,ORM1,QSOX1。2.PCR结果提示烧伤休克患者中性粒细胞ORM1表达量高于正常对照组(8.095±2.938 vs 1.012±0.1018,p<0.05)。3.分为两部分,第一部分,烧伤患者血清刺激中性粒细胞的血清,L-选择素(5444±252.5,p<0.05)荧光强度低于正常对照组。MPO的表达量(0.02667±0.0002517,p<0.05)高于正常对照组。第二部分,ORM1组中性粒细胞L-选择素(124719±4823,p<0.05)荧光强度高于烧伤对照组,ORM1组的MPO(0.02410±0.0004359,p<0.05),p38 MAPK(0.3300±0.04797,p<0.05),ERK1/2(0.2006±0.03685,p<0.05)的表达量均低于烧伤对照组。以上结果均有统计学意义。结论通过生物信息分析筛选参与烧伤休克的关键基因(ARG1,CKAP4,C3AR1,ELANE,GGH,ORM1,QSOX1),并验证基因ORM1抑制了中性粒细胞活化,这一作用可能与其抑制p38 MAPK、ERK1/2炎性信号通路的活化有关。
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