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目的：研究输卵管妊娠（TP）妇女宫颈管沙眼衣原体（CT）感染和微生物群落特征。方法：对44例TP(TP组)及44例健康早期妊娠（对照组）妇女采用问卷调查获取生活行为和临床资料，收集宫颈管脱落细胞样本，采用特异性引物的聚合酶链式反应（PCR）方法检测CT-DNA，16S rRNA基因的末端限制性酶切片段长度多态性分析（T-RFLP）研究宫颈管CT感染和微生物群落特征。结果：4例（9.09%）TP和8例（18.18%）健康早期妊娠妇女宫颈管CT-DNA阳性，差异无统计学意义（P＞0.05）；宫颈管CT阳性率在不同性伴数、初次性生活年龄、宫颈外观、吸烟习惯无统计学差异（P＞0.05）。两组妇女宫颈管内共发现18种末端限制性酶切片段（T-RFs）,相对集中T-RFs均为490bp、488bp、186bp；对照组T-RFs数量显著多于TP组（5.02±1.947，4.45±1.797；P<0.05）；T-RFs462bp、570bp在对照组分别出现19例（43.18%）、13例（29.55%)，分别高于TP组5例（11.36%）、4例（9.09%)，差异有统计学意义（P<0.05）；出现T-RF186bp妇女的CT DNA阳性例数高于无T-RFs186bp者，其差异有统计学意义（P<0.05），两者呈正关联，OR=3.61。结论：TP妇女与正常早期妊娠妇女宫颈管CT-DNA阳性率无差异，无症状早期妊娠妇女宫颈管存在CT，我们推测CT可能是通过全身免疫反应导致输卵管病变，发生TP或者生育能力降低；开展手术流产妇女生殖道CT感染自然史基础上的研究可为TP提供新的预防措施。TP妇女宫颈管微生物具有异质性，TP妇女存在宫颈管微生物群落变化，可能存在某种菌种促进CT感染。