以取自江苏水域的7种重要养殖鱼类，青鱼(Mylopharyngodon piceus)、草鱼(Ctenaryngodon idellus)、鲢鱼(Hypothalmichthys molitrix)、鳙鱼(Aristichthys nobilis)(以下简称四大家鱼)、团头鲂(Megalobrama amlycephala)、翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformis)和鳜鱼(Siniperca chuatsi)为研究对象，先后进行了同工酶和ISSR遗传标记的研究。 在同工酶遗传标记方面，对7种鱼肌肉组织的数种同工酶(LDH、EST、MDH、ME、ADH、GDH和POX)在各鱼种中表达的位点和条带数目作了分析，根据所统计的位点和酶带数目计算出6种鲤科鱼间遗传距离和相似性系数。聚类分析显示，青鱼、草鱼和鲢鱼、鳙鱼分别汇聚，然后再汇聚成一个单元，团头鲂与翘嘴红鲌汇聚成一个单元，最后这两个单元汇聚在一起，这与分类学结论一致。通过将本次实验结果与历次研究结果比较显示：江苏水域良种场的四大家鱼和团头鲂仍保持着天然种群的遗传性状，仍属良种种群；鳜鱼和翘嘴红鲌不同种群由于地域或繁殖上彼此隔离，形成生化遗传水平上的差异。 在ISSR遗传标记方面，从100个引物中筛选出了适合7种鱼的引物共22个，这些引物都能扩增出清晰稳定，并且可重复的条带。22个引物为二碱基重复序列，包括7个(AG)n，5个(CT)n，4个(GA)n，3个(TC)n，2个(AC)n和1个(GT)n，引物的锚定碱基位于3’端(除884外)，这些引物在7种鱼中的分布存在差异性。扩增图谱显示，同一引物对不同鱼的扩增图谱也存在不同。不同鱼的多态性位点比例显示青鱼的多态性指数最高为70.49％。通过对7种鱼的扩增结果进行分析，可以看出ISSR扩增的差异性一方面取决于用于研究的物种基因组或引物中重复序列的类型；另一方面还取决于锚定序列的位置和类型。7种鱼ISSR扩增结果与其在系统发育上的地位存在一致性。